目前并没有直接规定恶意拖欠农民工工资超过三个月以上就要赔偿两倍工资的具体法律条文。不过，我们可以从相关法律法规中找到处理拖欠工资问题的依据和途径。
法律法规依据
《中华人民共和国劳动法》第九十一条：
- 用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
- 这意味着，如果用人单位没有合理的理由拖欠工资，劳动者有权要求用人单位支付工资，并可能获得经济补偿和赔偿金。但这里的赔偿金并非直接规定为两倍工资，而是根据具体情况由劳动行政部门决定。
《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条：
- 用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
- （一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
- …（其他情形略）
- 这条规定明确了在用人单位未及时足额支付劳动报酬的情况下，劳动行政部门可以责令其支付赔偿金，但赔偿金的标准是应付金额的百分之五十以上百分之一百以下，并非直接的两倍工资。
处理途径与建议
向劳动保障监察机构投诉：
- 劳动者可以直接向当地劳动保障监察机构进行投诉，该机构会依据相关法律法规对用人单位进行监督检查，并责令其支付拖欠的工资。
申请劳动仲裁：
- 如果投诉未能解决问题，劳动者可以向当地劳动争议仲裁委员会申请仲裁。在提起仲裁申请时，需要提交书面仲裁申请书，并按照被申请人人数提交副本。仲裁申请书应当载明劳动者的基本信息、仲裁请求和所根据的事实、理由以及相关证据。
要求经济补偿与赔偿金：
- 在处理拖欠工资问题时，劳动者可以依据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，要求用人单位支付经济补偿。同时，根据《中华人民共和国劳动法》的规定，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资的，由劳动行政部门责令支付劳动者的工资报酬、经济补偿，并可以责令支付赔偿金。
保留证据与维权意识：
- 劳动者在遭遇拖欠工资时，应保留好相关证据，如工资条、劳动合同、工作记录等，以便在维权时提供有力支持。同时，要增强维权意识，及时通过合法途径维护自己的权益。
总结与建议：虽然目前没有直接规定恶意拖欠农民工工资超过三个月以上就要赔偿两倍工资的具体法律条文，但劳动者在遭遇拖欠工资时，仍可以通过向劳动保障监察机构投诉、申请劳动仲裁等途径来维护自己的权益。同时，要保留好相关证据，增强维权意识。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。