若公司小股东申请法院要求查公司内部账，但公司不配合，股东可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
确保查账请求的合法性与程序性：
- 根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，股东有权查阅、复制公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议和财务会计报告，并可以要求查阅公司会计账簿。但股东要求查阅会计账簿时，应当向公司提出书面请求，并说明目的。
- 因此，作为小股东，你首先需要以书面形式正式向公司提出查账请求，并明确阐明查阅账簿的具体目的。这是启动后续法律程序的基础。
等待公司答复并处理：
- 公司在收到股东的查账请求后，应在15日内作出书面答复，并说明拒绝提供查阅的理由（如果有）。这是公司的法定义务。
- 如果公司在规定期限内未作答复或拒绝提供查阅，股东则有权采取进一步的法律措施。
向法院提起诉讼：
- 若公司无正当理由拒绝股东的查账请求，股东可以向当地人民法院提起诉讼，要求法院判令公司提供查阅账簿等会计资料的机会。
- 在诉讼过程中，股东需要证明自己的股东身份以及查账的合理性。这通常包括提供股东证明、查账请求书等证据材料。
申请法院强制执行：
- 如果法院判决股东胜诉，即公司应配合股东查账，但公司仍不配合执行判决，股东可以再次向法院申请强制执行。
- 法院在受理强制执行申请后，有权责令公司提供相关资料，并可能对公司采取罚款、拘留等强制措施，以确保判决的履行。
在采取上述措施时，股东还需要注意以下几点：
- 查账目的的正当性：股东行使查账权时，必须确保目的合法正当，不能损害公司及其他股东的合法权益。如果查账目的被认定为不正当，如存在恶意或为了谋取不正当利益等，公司有权拒绝查账请求，并可能要求股东承担相关费用。
- 证据的留存与收集：在整个过程中，股东应妥善留存和收集相关证据材料，如查账请求书、公司答复（如果有）、法院判决书等。这些证据材料在后续的法律程序中可能起到关键作用。
- 法律程序的遵循：股东在采取法律措施时，必须严格遵循法律程序的规定。如未按照法定程序提出查账请求、未在规定期限内提起诉讼等，都可能导致法律措施的失效或无法达到预期效果。
举例说明：假设某公司小股东A认为公司财务状况存在疑问，欲行使查账权。A首先以书面形式向公司提出查账请求，并阐明了具体目的。但公司在15日内未作书面答复。于是，A向当地人民法院提起诉讼，要求法院判令公司提供查阅账簿的机会。法院经审理后判决A胜诉，但公司仍不配合执行判决。此时，A可以再次向法院申请强制执行，法院将责令公司提供相关资料。
作为专业律师，我建议你在遇到类似情况时，务必保持冷静和理性，按照法律程序的规定来维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。