当股东要求查账，而公司以正当理由拒绝时，股东可以采取以下措施来维护自己的合法权益：
一、明确股东查账权及公司拒绝的合法性边界
股东查账权的法律依据：
- 根据《中华人民共和国公司法》第三十三条，股东有权查阅、复制公司章程、股东会会议记录、董事会会议决议、监事会会议决议和财务会计报告。股东还可以要求查阅公司会计账簿，但需向公司提出书面请求并说明目的。
公司拒绝的合法性：
- 公司有合理根据认为股东查阅会计账簿有不正当目的，可能损害公司合法利益的，可以拒绝提供查阅，并应当自股东提出书面请求之日起十五日内书面答复股东并说明理由。这里的“不正当目的”可能包括泄露公司商业秘密、损害公司利益等。
二、与公司协商沟通
提交书面申请：
- 股东应首先向公司提交书面的查账申请，明确查账的目的、范围和时间，并保留好申请书的送达证据，如邮寄凭证或签收记录。
沟通了解拒绝原因：
- 在提交书面申请后，股东可以尝试与公司管理层进行沟通，了解拒绝查账的具体原因。如果公司担心查账会影响正常经营或泄露商业秘密，股东可以提议签订保密协议，以消除公司的顾虑。
三、寻求法律途径解决
向监事会或监事反映：
- 根据《公司法》，监事会或不设监事会的公司的监事具有监督公司经营管理和财务状况的职责。股东可向监事会或监事提交书面申请，说明查账被拒绝的情况，请求其依法履行职责，对公司拒绝查账的行为进行调查和处理。
提起股东知情权诉讼：
- 如果公司无正当理由拒绝股东的查账请求，股东可以向人民法院提起诉讼，请求法院强制公司提供查阅。在提起诉讼前，股东应收集并整理相关证据，如查账申请的书面材料、公司拒绝查账的证据（回复函、邮件、短信等）、公司章程中关于股东查账权利的规定等。
- 诉讼流程：
- 准备诉讼材料：包括起诉书、证据清单等。
- 聘请律师：由于此类案件涉及专业的法律知识，建议股东聘请有经验的律师代理诉讼，比如向我咨询，我可以提供专业的法律服务。
- 提起诉讼：向有管辖权的人民法院提起股东知情权诉讼，请求法院判令公司提供相关账簿供股东查阅。
- 注意诉讼时效：股东应在知道或应当知道自己权利被侵害之日起的合理期限内提起诉讼，以免超过诉讼时效。
申请强制执行：
- 如果股东在诉讼中胜诉，但公司仍然拒绝履行判决，股东可以向法院申请强制执行。此时，股东应提交执行申请书及相关证据，并积极配合法院的工作。
四、其他注意事项
避免不正当目的：
- 股东在行使查账权时，应确保自己的行为出于正当目的，如了解公司经营状况、监督管理层行为等，而非为了泄露公司商业秘密或损害公司利益。
保护公司利益：
- 在查账过程中，股东应遵守公司的规章制度和保密义务，不得擅自复制、传播或利用所查阅的信息。
总结来说，当股东要求查账被公司以正当理由拒绝时，股东应首先尝试与公司沟通协商，并依据公司章程及相关法律规定提出正式书面申请。若公司仍拒绝配合，股东可向监事会或监事反映，并最终通过提起股东知情权诉讼来维护自己的合法权益。在整个过程中，股东应确保自己的行为合法合规，避免损害公司利益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。