当房屋权属登记证书与政府部门内档登记不一致时，主要适用的法律规定为《中华人民共和国民法典》的相关条款。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
- 《中华人民共和国民法典》第二百一十七条：
- 条款内容：不动产权属证书是权利人享有该不动产物权的证明。不动产权属证书记载的事项，应当与不动产登记簿一致；记载不一致的，除有证据证明不动产登记簿确有错误外，以不动产登记簿为准。
- 法律解释：此条款明确了不动产权属证书与不动产登记簿之间的关系，即两者应当一致。若出现不一致，除非有证据证明不动产登记簿存在错误，否则应以不动产登记簿为准。
二、法律建议
及时核对与更正：
- 当发现房屋权属登记证书与政府部门内档登记不一致时，权利人应及时到不动产登记部门申请核对，并要求登记部门对不一致的事项作出更正。
- 更正后，不动产登记部门应重新为权利人发放不动产权属证书，以确保其准确性。
保留证据：
- 在申请核对与更正的过程中，权利人应保留好相关证据，如申请更正的书面材料、不动产登记部门的回复等，以备不时之需。
法律救济途径：
- 若不动产登记部门拒绝更正或未在规定时间内作出更正，权利人可以依法提起行政诉讼或民事诉讼，以维护自己的合法权益。
- 在诉讼过程中，权利人应提供充分的证据证明不动产登记簿存在错误，以及该错误对自己权益的影响。
三、可能的法律后果
若以错误登记为准：
- 如果权利人未能及时发现并更正房屋权属登记证书与政府部门内档登记的不一致，且以错误的登记为准进行了交易或其他法律行为，可能会导致权利人的权益受损。
- 例如，在房屋买卖过程中，如果买方依据错误的权属登记证书购买了房屋，而实际上该房屋的所有权并不属于卖方，那么买方可能会面临无法取得房屋所有权的风险。
若及时更正：
- 如果权利人能够及时发现并更正房屋权属登记证书与政府部门内档登记的不一致，那么可以避免上述风险，确保自己的权益不受损害。
当遇到房屋权属登记证书与政府部门内档登记不一致的情况时，权利人应依据《中华人民共和国民法典》的相关规定，及时到不动产登记部门申请核对与更正，并保留好相关证据。如有需要，还可以依法提起诉讼以维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。