结论：申请执行人死亡后，其配偶不能直接代替签字，但可通过法定程序变更申请执行人后继续执行程序。具体分析如下：

1. 配偶不能直接代替签字的原因

• 主体资格问题：执行程序中的申请执行人具有特定身份，需以本人名义参与。配偶并非法定继承人中唯一或当然的权利承接人，直接代替签字缺乏法律依据。
• 程序合法性要求：执行程序需严格遵循法定流程，擅自变更签字主体可能导致程序瑕疵，甚至被对方提出异议而中止执行。

2. 配偶如何合法参与执行程序

• 步骤一：确定继承人身份
  根据《民法典》继承编，配偶、子女、父母为第一顺序继承人。若申请执行人无遗嘱，配偶需与其他继承人共同协商或通过法院确认继承份额。
• 步骤二：申请变更申请执行人
  继承人需向执行法院提交：
  • 死亡证明（证明原申请执行人死亡）；
  • 继承权公证书或法院生效继承判决（证明配偶的继承人身份）；
  • 变更申请执行人申请书（明确继承权利及继续执行的意愿）。
• 步骤三：法院审查与裁定
  法院审查材料后，若符合条件，会裁定变更申请执行人为配偶（或其他继承人）。裁定生效后，配偶方可作为新申请执行人参与执行，包括签字等程序。

3. 特殊情况处理

• 若申请执行人生前有遗嘱：遗嘱指定配偶为财产执行权利人的，需提交遗嘱及遗嘱公证文件，法院可能直接依据遗嘱变更申请执行人。
• 若继承人放弃继承：配偶需明确表示接受继承并承担执行义务，其他继承人放弃的，需提交放弃继承声明书。

4. 风险提示

• 程序延误风险：若未及时变更申请执行人，执行程序可能因主体缺失而中止，导致债务人转移财产等风险。
• 继承纠纷风险：若继承人对遗产分配有争议，需先通过继承诉讼解决，再恢复执行程序，可能延长执行周期。

建议：配偶应尽快与其他继承人协商，准备继承权证明材料，并向执行法院提交变更申请。如有复杂情况（如继承纠纷、债务清偿争议），可进一步提供细节，我将为您分析具体解决方案。