员工犯罪的民事赔偿主体通常是犯罪单位本身，但在特定情况下，直接负责的主管人员或其他直接责任人员也可能成为赔偿主体。以下是对这一问题的详细分析：
一、通常情况：犯罪单位作为赔偿主体
在单位犯罪的情况下，民事赔偿责任主体一般是犯罪单位。这是因为单位犯罪是依单位意志、以单位名义实施，且违法所得归单位所有。根据“罪责自负”原则，单位应当对其犯罪行为造成的损害承担民事赔偿责任。例如，若某公司因违法经营给第三方造成了经济损失，那么该公司应当作为赔偿主体，承担相应的民事赔偿责任。
二、特殊情况：直接负责的主管人员或其他直接责任人员可能担责
尽管在大多数情况下，单位犯罪的民事赔偿责任由单位承担，但也存在特殊情况。若职工是直接负责的主管人员或其他直接责任人员，且其行为构成侵权，那么该职工就可能需要承担民事赔偿责任。具体来说，如果职工在单位犯罪活动中有故意或重大过失行为，导致他人受损，那么该职工需根据其过错程度承担相应的赔偿责任。
举例说明：
假设某公司因违法排放污染物给周边居民造成了健康损害。在此情况下，该公司应当作为赔偿主体，承担对周边居民的民事赔偿责任。然而，如果调查发现，该公司的环保部门主管在明知排放超标的情况下，仍故意隐瞒并继续排放，导致损害扩大，那么该环保部门主管就可能需要因其故意行为而承担部分民事赔偿责任。
三、法律建议
对于单位：单位应当加强内部管理，确保员工遵守法律法规，避免单位犯罪的发生。一旦发生单位犯罪，单位应当积极承担民事赔偿责任，以维护自身声誉和避免进一步的法律纠纷。
对于员工：员工应当严格遵守法律法规和单位规章制度，避免参与任何违法犯罪活动。如果员工发现单位存在违法犯罪行为，应当及时向有关部门举报，以避免自身陷入法律纠纷。
对于受害者：如果受害者因单位或员工的犯罪行为而遭受损害，应当及时向有关部门报案，并寻求法律援助以维护自身合法权益。
在处理员工犯罪的民事赔偿问题时，需要综合考虑多种因素，包括犯罪行为的性质、责任主体的认定以及受害者的损害程度等。如果有任何法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。