农民工被高额扣除工资是否违法，需结合具体情况判断，但通常存在违法风险。以下从不同角度为您详细分析：

1. 扣除工资的合法性前提

根据《工资支付暂行规定》第十六条，用人单位可从劳动者工资中扣除以下费用：

• 代扣代缴的个人所得税；
• 应由劳动者负担的各项社会保险费用；
• 法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
• 法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。

若扣除项目超出上述范围，或扣除比例超过法定标准，则可能违法。例如，用人单位以“罚款”“绩效不达标”等名义随意扣减工资，通常缺乏法律依据。

2. 扣除比例的限制

即使扣除项目合法，每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。

举例：
假设农民工月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元。

• 合法扣除上限：5000元 × 20% = 1000元；
  
• 扣除后工资：5000元 - 1000元 = 4000元（≥2000元，合法）；
  
• 若扣除1500元，则剩余3500元（合法）；
  
• 若扣除2000元，则剩余3000元（仍合法）；
  
• 若扣除3000元，剩余2000元（等于最低工资，合法）；
  
• 若扣除3100元，剩余1900元（低于最低工资，违法）。

3. 常见违法扣除情形

• 以“违约金”名义扣减工资：
  根据《劳动合同法》第二十五条，除劳动者违反服务期约定或竞业限制约定外，用人单位不得与劳动者约定由劳动者承担违约金。因此，以“未完成业绩”“提前离职”等为由扣减工资，通常违法。

• 未足额支付劳动报酬：
  若用人单位长期拖欠或克扣工资，农民工可依据《劳动法》第五十条、第九十一条，要求用人单位支付工资及经济补偿金。

4. 农民工的维权途径

• 协商：与用人单位沟通，要求说明扣除依据并出示相关文件；
  
• 投诉：向当地劳动监察大队举报（可通过12333热线）；
  
• 仲裁/诉讼：若协商无果，可申请劳动仲裁，对仲裁结果不服的，可向法院起诉。

5. 特殊提示

• 保留证据：工资条、银行流水、扣除通知等材料是维权关键；
  
• 时效性：劳动争议申请仲裁的时效为1年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。

总结：农民工被高额扣除工资是否违法，需结合扣除项目、比例及是否低于最低工资标准判断。若用人单位行为涉嫌违法，建议及时通过法律途径维权。如有具体案例或疑问，可直接向我咨询，我会结合细节为您进一步分析。