当同案犯指认主犯时，司法机关的处理方式是一个严谨且多步骤的过程，旨在确保司法公正和准确认定犯罪事实。以下是对这一问题的详细解答：

一、司法机关的综合审查判断

司法机关在面对同案犯指认主犯的情况时，不会简单依据口供定案。而是会进行综合审查判断，这包括对口供的真实性、可靠性以及与其他证据的关联性进行深入分析。仅有同案犯的口供是不足以认定主犯的，必须有其他证据进行佐证，以形成完整的证据链。

二、口供与其他证据的印证

如果同案犯的口供能与在案的其他客观证据相互印证，如现场勘查笔录、物证等，那么这份口供就可以作为认定主犯的重要依据。例如，现场勘查笔录能反映案发时的真实情况，物证则是实际存在的与案件相关的物品。当口供与这些证据相符时，其可信度会显著提高。

三、考量指认动机和串供可能

司法机关会考虑同案犯指认主犯的动机。如果同案犯是出于减轻自身罪责、转移视线或其他不良动机进行指认，那么这份口供的证明力就会减弱。同时，司法机关还会排查是否存在串供的可能，即同案犯之间是否事先商量好进行虚假指认。这需要通过审查指认过程、询问相关人员等方式进行。

四、审查指认程序的合法性

司法机关会严格审查同案犯指认过程是否符合法定程序。如果存在刑讯逼供、威胁、引诱等非法获取口供的情况，该口供将被排除，不能作为定案依据。这是为了保障被告人的合法权益，防止因非法取证而导致的冤假错案。

五、全面审慎认定主犯

在综合审查判断的基础上，司法机关会全面、审慎地分析同案犯口供以及其他相关证据，以此准确认定主犯。主犯是指在共同犯罪中起主要作用的人，包括组织、领导犯罪集团或在共同犯罪中起主要作用的人。对于主犯的认定，必须确保证据充分、确凿，能够形成完整的证据链。

六、量刑考虑

在认定主犯后，法院会结合犯罪性质、情节和危害后果等因素进行量刑。对于犯罪集团首要分子，要对集团全部罪行负责；对于其他主犯，则对参与、组织、指挥的犯罪负责。同时，法院还会综合考虑被告人的认罪态度、悔罪表现等因素进行裁判。

举例说明：

假设小朱、小李和小胡共同实施了一起盗窃案。归案后，小朱和小李指认小胡是主犯。但小胡坚称自己并非主犯，认为小朱和小李是为了减轻自身罪责才这样指认。此时，警方在现场获取了一些物证和勘查笔录。在审理过程中，法院不会仅依据小朱和小李的口供来认定小胡为主犯，而是会结合现场勘查笔录、物证等其他证据进行审查判断。如果这些证据能与口供相互印证，且没有发现指认动机不良或串供的可能，同时指认程序合法，那么法院可能会认定小胡为主犯，并依法进行裁判。

综上所述，当同案犯指认主犯时，司法机关会进行综合审查判断，确保司法公正和准确认定犯罪事实。