在农村耕地侵权案中，法院定案通常会结合承包合同与土地经营权证进行综合判断，但二者效力及证明力存在差异，具体需分情况讨论：

1. 若承包合同与土地经营权证记载内容一致
   此时二者可互为佐证，法院会以二者共同确认的事实（如土地四至范围、承包期限、权利人等）作为定案依据。例如，若合同与权证均明确记载原告为某块耕地的承包经营权人，被告的侵权行为（如强占、破坏）可直接通过对比权属证明与实际占用情况认定。

2. 若承包合同与土地经营权证记载内容冲突

   • 以土地经营权证优先：根据《农村土地承包法》及《民法典》物权编，土地经营权证是权利人依法享有土地经营权的法定证明，具有公示公信效力。若权证登记内容与合同不一致（如权证登记权利人非合同签订方），法院通常以权证记载为准，除非存在登记错误或程序违法等例外情形。
     
   • 例外情形：若能证明土地经营权证登记错误（如因行政机关疏忽导致权属信息错误），或存在合法有效的权属变更协议（如家庭内部分户协议、流转合同等），法院可能以实际权属状态或后续合法协议为准。

3. 若仅有一份证据时的认定规则

   • 仅有承包合同：需结合合同履行情况（如实际耕种、缴纳税费、领取补贴等）综合判断。若合同形式合法、内容明确，且无相反证据推翻，法院可能认可合同效力。
     
   • 仅有土地经营权证：权证本身即可作为权利证明，但若被告能提供反证（如历史使用记录、权属争议调解协议等），法院可能要求权利人进一步举证。

实务建议：

• 权利人应同时保存承包合同与土地经营权证，并确保二者信息一致；
  
• 若发现权证登记错误，应及时申请更正登记；
  
• 侵权发生后，需固定证据（如现场照片、证人证言、行政机关处理记录等），以增强主张的说服力。
  

如有具体案件细节或证据材料，可进一步向我说明，我将结合案情提供针对性分析。