医院在编人员只打卡不上班属于违反工作纪律的行为，具体处罚需结合医院规章制度、劳动合同及相关法律法规，分情况处理如下：

1. 若医院规章制度明确规定“只打卡不上班”为违纪行为
   根据《事业单位人事管理条例》第二十八条，事业单位工作人员有“旷工或者因公外出、请假期满无正当理由逾期不归”等行为的，可给予警告、记过、降低岗位等级或撤职、开除等处分。

   • 具体操作：医院需先通过职工代表大会等程序制定或修订规章制度，明确“只打卡不上班”属于旷工或严重违反工作纪律的情形，并规定相应处罚标准（如旷工几天视为严重违纪）。
     
   • 处罚流程：医院应先调查核实（如调取考勤记录、监控、同事证言等），确认员工存在“只打卡不上班”的事实后，按制度给予书面警告、扣发绩效工资等初步处罚；若情节严重（如连续旷工超15天或累计超30天），可依据《事业单位工作人员处分暂行规定》直接解除聘用合同。
     

2. 若劳动合同或集体合同有相关约定
   根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位规章制度的，用人单位可解除劳动合同。若医院与员工签订的劳动合同中明确“只打卡不上班”属于“严重违反规章制度”的情形，医院可直接依据合同解除劳动关系，无需支付经济补偿。

   • 注意：合同约定需合法合理，不得超出法律框架（如不得约定“迟到一次即开除”等显失公平的条款）。
     

3. 若员工存在特殊情况（如病假、事假未获批）
   若员工因客观原因（如突发疾病）未及时履行请假手续，但实际未到岗，医院应先核实情况。若员工能提供有效证明（如医院诊断证明），则不属于“故意只打卡不上班”，医院应按病假处理（支付病假工资）；若员工无正当理由拒不到岗，则按旷工处理。

建议医院处理步骤：

1. 固定证据：调取考勤记录、监控、工作记录等，证明员工未实际到岗；
   
2. 核实原因：与员工沟通，了解是否因客观原因无法到岗；
   
3. 依据制度处理：根据医院规章制度或劳动合同，按程序给予警告、扣薪或解除合同；
   
4. 书面通知：处理决定需以书面形式送达员工，并告知申诉渠道。
   

风险提示：若医院未制定明确制度，或处理程序不合规（如未调查直接开除），员工可能以“违法解除”为由申请劳动仲裁，要求支付赔偿金（2N倍月工资）。

如有具体案例或制度条款需进一步分析，可直接向我咨询。