结论：针对法院判决行为违法但不撤销林权证的情况，可采取以下措施：一是申请再审或提起上诉；二是通过行政诉讼途径解决；三是寻求行政补偿或赔偿；四是协商或调解解决。以下是对这些处理方式的详细阐述：

1. 申请再审或提起上诉：

   • 如果认为法院的判决存在错误，特别是关于行为违法性的认定与林权证不撤销之间的逻辑关系处理不当，可以在法定期限内向上一级法院申请再审或提起上诉。
   • 在申请再审或上诉时，需要提供充分的证据和法律依据，以证明原判决存在错误，并请求法院重新审理或改判。

2. 通过行政诉讼途径解决：

   • 如果认为林权证的颁发或维持存在违法行为，且该行为与法院判决的违法行为有直接关联，可以考虑向法院提起行政诉讼，要求撤销或变更林权证。
   • 在行政诉讼中，需要证明林权证的颁发或维持行为违法，并符合行政诉讼的受理条件。

3. 寻求行政补偿或赔偿：

   • 如果因法院判决的违法行为或林权证的不当维持而遭受了损失，可以向相关行政部门提出行政补偿或赔偿请求。
   • 在提出请求时，需要提供损失的具体证据和计算依据，以及证明该损失与违法行为或林权证维持之间的因果关系。

4. 协商或调解解决：

   • 在某些情况下，通过协商或调解解决纠纷可能更为高效和可行。可以尝试与对方（如林权证持有者、相关部门等）进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
   • 如果协商无果，可以考虑寻求第三方调解机构的帮助，如人民调解委员会等，以促成双方达成和解。

额外建议：

• 在处理此类纠纷时，建议保留好所有相关证据和文件，包括合同、法院判决、林权证等，以备不时之需。
• 如果对法律程序不熟悉或感到困惑，可以寻求专业法律人士的帮助，以确保自己的权益得到妥善维护。

在整个处理过程中，务必保持冷静和理性，依法维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。