结论：村上留取5%的高铁占地补贴款是否合法不能一概而论，需结合具体情况判断。以下从不同角度进行分析：

1. 若村集体留取部分款项用于公共事务，且符合法定程序，则可能合法

• 根据《村民委员会组织法》第二十四条，涉及村民利益的下列事项，经村民会议讨论决定方可办理：……（七）征地补偿费的使用、分配方案。
• 关键点：村集体若通过民主程序（如村民会议或村民代表会议）决定留取部分补贴款用于村内公共设施建设、公益事业等，且留取比例合理（如5%未超出必要范围），则属于合法行使集体财产管理权。
• 需核查：村集体是否召开会议、留取用途是否公开透明、是否在村务公告栏公示等。

2. 若村集体未履行法定程序或留取比例不合理，则可能违法

• 程序违法：若村集体未经村民会议或村民代表会议讨论，擅自决定留取补贴款，属于程序违法，村民可向乡镇政府反映或通过行政诉讼撤销该决定。
• 比例违法：若留取比例过高（如5%导致村民实际获得补偿远低于法定标准），可能侵犯村民合法权益。根据《土地管理法实施条例》第三十二条，土地补偿费应主要用于被征地农民，村集体留取部分需有合理依据。
• 救济途径：村民可向县级农业农村部门、自然资源部门举报，或通过民事诉讼要求返还被截留款项。

3. 若款项性质为“青苗及地上附着物补偿”，则村集体无权留取

• 根据《土地管理法》第四十八条，征收土地应当依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费以及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用。
• 关键区分：若补贴款属于“青苗及地上附着物补偿”（直接补偿给实际损失人），则村集体无权留取；若属于“土地补偿费”（补偿给村集体经济组织），则村集体可依法留取部分用于公共事务。

行动建议：

1. 核查款项性质：要求村集体提供补贴款分配明细，明确款项属于“土地补偿费”还是“青苗补偿费”。
2. 核查程序合法性：要求村集体出示村民会议或村民代表会议记录、分配方案公示材料等。
3. 维权途径：若发现违法情形，可向乡镇政府申请行政审查，或通过法律途径主张权利。

提示：法律问题需结合具体证据和地方政策判断，如有疑问可直接向我咨询，我会结合您所在省份的征地补偿标准进一步分析。