结论：村干部扣留高速公路占地补偿款的行为是否合法，需根据具体情况判断，一般情况下不合法，但若存在特定合法理由则可能例外。以下从不同角度详细分析：

一、补偿款归属与发放原则

根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，土地征收补偿款应直接支付给被征地的农村集体经济组织或农户，任何单位和个人不得截留、挪用。这意味着，补偿款从法律上属于被征地农民或集体所有，村干部作为管理者，无权擅自扣留。

例外情况：若村干部扣留补偿款是基于合法程序，如用于偿还集体债务、支付公共设施建设费用等，且经过村民会议或村民代表会议讨论通过，并报乡（镇）人民政府批准，则可能构成合法行为。但这种情况极为特殊，且需严格遵循法定程序。

二、村干部扣留补偿款的常见非法情形

1. 私自截留：村干部未经任何合法程序，擅自将补偿款用于个人消费或其他非集体用途，属于违法行为。
2. 挪用资金：将补偿款挪作他用，如用于投资、借贷等，同样构成违法。
3. 贪污受贿：若村干部通过扣留补偿款的方式谋取私利，如收受贿赂、侵吞公款等，则可能涉嫌贪污受贿犯罪。

三、农民如何维护自身权益

1. 了解补偿政策：农民应主动了解土地征收补偿政策，包括补偿标准、发放方式等，确保自身权益不受侵害。
2. 保留证据：在补偿款发放过程中，农民应保留好相关证据，如补偿协议、发放记录等，以便在发生纠纷时维权。
3. 及时投诉举报：若发现村干部扣留补偿款，农民可向当地乡（镇）人民政府、土地管理部门或纪检监察机关投诉举报，要求依法处理。
4. 寻求法律援助：在必要时，农民可寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自身权益。

四、法律后果

若村干部扣留补偿款的行为被认定为违法或犯罪，将面临以下法律后果：

1. 行政处罚：根据违法情节的轻重，村干部可能受到警告、记过、降级、撤职等行政处分。
2. 刑事责任：若行为构成贪污受贿犯罪，村干部将面临有期徒刑、拘役、罚金等刑事处罚。
3. 民事赔偿：村干部还需承担因扣留补偿款给农民造成的经济损失的赔偿责任。

建议：若您遇到村干部扣留高速公路占地补偿款的情况，请务必保持冷静，及时了解相关政策法规，保留好相关证据，并通过合法途径维护自身权益。如有需要，可直接向我咨询，我将为您提供专业的法律帮助。