公司涉及行政违法调查时，一般不能注销，但在特定条件下可能存在例外。以下从不同角度为您详细分析：

一、一般原则：行政违法调查期间公司不得注销

根据《生态环境行政处罚办法》等相关规定，案件调查终止的主要适用条件为行政相对人主体灭失，且该灭失需致使案件调查无法继续进行。对于法人或其他组织类市场主体而言，其主体灭失不仅指公司被注销，还需满足无其他市场主体承受其权利义务的条件。在公司涉及行政违法调查期间，若公司试图通过注销来逃避法律责任，这通常是不被允许的。因为此时公司的注销会导致案件调查无法继续进行，从而损害执法活动的权威性和公正性。

二、特定条件下的例外：恶意注销的处理

1. 恶意注销的情形：

   • 随着注销便利化改革的推进，部分市场主体可能利用简易注销登记的便利，通过提供虚假材料、作出虚假承诺等方式恶意注销，以逃避法律责任。

2. 法律后果：

   • 对于恶意注销的行为，依据《市场主体登记管理条例实施细则》等相关规定，行政机关可发函市场主体登记机关申请撤销注销登记，并对恶意注销的行为人依法予以行政处罚。
   • 在市场主体登记机关作出有关撤销注销登记决定前，生态环境部门（或其他行政执法部门）可依据相关规定对案件予以中止调查，待市场主体登记机关作出处理决定后，再恢复进一步调查处理。

三、实际操作中的建议

1. 及时掌握公司主体资格存续状态：

   • 在行政违法调查期间，行政执法部门应及时掌握公司的主体资格存续状态，防止公司恶意注销。

2. 明确告知公司立案调查状态：

   • 在调查环节，行政执法部门可通过调查询问通知书、调查询问笔录或责令改正决定书等文书中载明告知公司本案已处于立案调查状态，以预防当事人简易注销登记后辩称申请时并未知晓有关立案调查情况。

3. 依法追究违法行为人的法律责任：

   • 对于已经恶意注销的公司，行政执法部门应依法追究其违法行为人的法律责任，确保执法活动的权威性和公正性。

举例说明：假设某公司因涉嫌环境污染被生态环境部门立案调查。在调查期间，该公司试图通过简易注销登记来逃避法律责任。然而，由于生态环境部门在调查环节已经明确告知该公司本案已处于立案调查状态，且该公司存在提供虚假材料进行注销登记的行为。因此，生态环境部门可依法申请撤销该公司的注销登记，并对该公司及其相关责任人依法予以行政处罚。

综上所述，公司涉及行政违法调查时一般不能注销。若您在此方面遇到具体问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。