有违法行为的公司，如果其违法行为未得到妥善处理，依据《中华人民共和国公司法》等相关法律法规，是不允许注销营业执照的。以下是对此问题的详细分析：
一. 存在违法行为的情形
公司成立后无正当理由超过六个月未开业，或开业后自行停业连续六个月以上
- 法律依据：根据《中华人民共和国公司法》第二百一十一条规定，“公司成立后无正当理由超过六个月未开业的，或者开业后自行停业连续六个月以上的，可以由公司登记机关吊销营业执照”。虽然此条规定的是吊销营业执照的情形，但在此情形下，公司因违法行为已被吊销营业执照，自然无法进行主动注销。
- 实例说明：某公司成立后，由于经营不善或其他原因，连续六个月未开展业务。此时，公司登记机关有权吊销其营业执照，而公司在营业执照被吊销后，便无法再进行注销操作。
违反法律规定，虚报注册资本，提交虚假材料或采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得公司登记
- 法律依据：同样依据《中华人民共和国公司法》第一百九十八条规定，“违反本法规定，虚报注册资本、提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得公司登记的，由公司登记机关责令改正，对虚报注册资本的公司，处以虚报注册资本金额百分之五以上百分之十五以下的罚款；对提交虚假材料或者采取其他欺诈手段隐瞒重要事实的公司，处以五万元以上五十万元以下的罚款；情节严重的，撤销公司登记或者吊销营业执照”。在此情形下，如果公司被撤销登记或吊销营业执照，同样无法进行注销。
- 实例说明：某公司在注册时，虚报了注册资本并提交了虚假材料。后经查实，公司登记机关撤销了其公司登记。此时，该公司因违法行为已被撤销登记，无法再进行注销操作。
二. 其他影响注销的情形
除了上述直接的违法行为外，还有一些其他情形也可能影响公司的注销：
涉及未结清的法律责任
- 情形说明：如果公司存在未履行的合同、未缴纳的税费、未处理的劳动争议等法律责任，这些责任未得到妥善解决之前，公司也是无法注销的。
- 实例说明：某公司存在未缴纳的税款和未处理的员工劳动争议。在这些问题得到解决之前，公司无法办理注销手续。
行政许可未到期或未处理
- 情形说明：如果公司持有的行政许可有效期尚未届满或相关行政许可事项未得到妥善处理，也可能影响公司的注销。
- 实例说明：某公司持有一项有效期为五年的行政许可。在许可有效期内，公司无法直接办理注销手续，需要等待许可到期或妥善处理相关许可事项后才能进行注销。
三. 我的观点
对于存在违法行为的公司而言，其注销手续会受到严格的限制。这是为了确保公司的违法行为得到妥善处理，维护市场秩序和公平竞争环境。因此，我建议公司在决定注销前，务必先自查是否存在违法行为或未了结的法律责任，并妥善处理这些问题后再进行注销操作。如有进一步需要，您可以继续咨询我。