法人有违法行为的公司，在满足一定条件下，仍然可以办理注销。但注销过程需严格遵守相关法律法规，并确保公司债务、税务等问题得到妥善处理。

一. 公司注销的法定条件与程序

1. 注销条件：根据《公司法》等相关法律法规，公司注销需满足一定条件，如债务已清偿、清算程序合规等。即使法人存在违法行为，只要公司本身符合注销条件，理论上仍可申请注销。
2. 注销程序：公司注销需按照法定程序进行，包括成立清算组、清理债权债务、通知债权人、完成税务清缴、编制清算报告等步骤。这些步骤必须严格遵守，以确保注销过程的合法性和合规性。

二. 法人违法行为对公司注销的影响

1. 清算障碍：若法人的违法行为导致公司财产被查封、扣押或冻结，将直接影响公司资产的清理和处置，进而可能阻碍注销进程。
2. 税务核查与完税证明：税务机关在公司注销时会进行严格核查，特别是当法人涉及的违法行为与税务有关时。只有在确认公司无税务问题后，才会出具完税证明，此过程可能因违法行为调查而延迟。
3. 工商部门审批与其他部门监管：工商部门在受理注销申请时，会审查清算报告等材料。若发现材料不完整或存在未解决问题，可能会要求补充或说明情况。其他相关部门也可能根据公司具体情况提出监管要求，影响注销进度。

三. 建议与指导

1. 谨慎考虑注销事宜：鉴于法人违法行为可能带来的复杂性和不确定性，公司在考虑注销时应谨慎行事，并咨询专业律师以获取准确指导。
2. 确保债务清偿与税务合规：在注销前，公司应确保所有债务已得到妥善清偿，并完成税务清缴工作。这是注销过程中不可或缺的一步，也是确保注销合法性的关键。
3. 配合相关部门工作：公司应积极配合工商部门、税务机关等相关部门的工作，提供必要的文件和材料，以确保注销过程的顺利进行。

我建议，在法人存在违法行为的情况下，公司应更加谨慎地处理注销事宜。在确保债务清偿、税务合规以及配合相关部门工作的前提下，按照法定程序进行注销申请。如有进一步需要，您可以继续咨询我。