关于收入证明由劳动合同主体还是发薪主体开具的问题，这实际上取决于具体的用工情况和单位的管理规定，但我可以给出一个较为普遍和清晰的解答。

一般来说，收入证明是由劳动合同主体（即用人单位）来开具的。这是因为劳动合同是确立用人单位与劳动者之间劳动关系的重要法律文件，其中会明确劳动者的工资待遇、工作岗位等关键信息。用人单位作为劳动合同的一方，有责任和义务根据员工的实际收入情况，准确、真实地开具收入证明。

在开具收入证明时，用人单位通常会由人事部门、财务部门或相关负责人负责，他们会根据员工的工资单、奖金记录、津贴发放等实际情况，详细列出员工的各项收入明细，如月工资、年薪、奖金、津贴等，并盖上单位的公章，以证明员工的收入状况。

当然，也存在一些特殊情况。比如，在某些用工模式下，发薪主体可能与劳动合同主体不一致。这种情况下，理论上应该由实际支付工资的主体（即发薪主体）来开具收入证明，但实际操作中可能会因为管理、协调等问题而有所复杂。不过，在大多数正规用工场合下，劳动合同主体和发薪主体是一致的，因此收入证明也由劳动合同主体开具。

另外，如果员工是自由职业者或个体经营者，那么他们可能无法从传统的用人单位那里获得收入证明。在这种情况下，他们可以寻求所在社区居委会、村委会或工商行政管理部门等相关机构的帮助，由这些机构根据他们的经营收入等情况出具收入证明，并盖上相应的公章。

总结来说，收入证明通常是由劳动合同主体（用人单位）来开具的，它必须真实、合法、有效，以反映员工的实际收入情况。如果存在特殊情况或疑问，建议员工与用人单位或相关机构进行沟通确认，以确保收入证明的准确性和有效性。