借款合同纠纷和民间借贷纠纷在案由上存在明显区别，主要体现在以下几个方面：
主体范围不同：
- 借款合同纠纷：其主体范围更为广泛，除了自然人、法人或其他非法人组织外，还包括金融机构。这意味着，当涉及银行、贷款公司等金融机构的借款时，通常归类为借款合同纠纷。
- 民间借贷纠纷：其主体则限于自然人、法人或其他非法人组织之间，不包括金融机构。民间借贷通常发生在个人与个人、个人与企业或企业与企业之间，且不涉及金融机构的参与。
交付要求与证据认定不同：
- 借款合同纠纷：借款合同一般自签订时即生效，关注的是合同条款的履行情况。在证据认定上，持有借款合同可以证明合同成立或生效，以及双方达成一致意见的具体内容，但并不直接证明借款的实际交付。
- 民间借贷纠纷：则更强调借款的实际交付。如果没有交付，则认为没有借贷事实。在证据认定上，借据、收据、欠条等债权凭证，或其他能够证明借款实际交付的证据，具有更高的证明力。民间借贷以实际交付为准，这是其与借款合同纠纷在证据认定上的重要区别。
意思自治的限制不同：
- 借款合同纠纷：在不违反国家禁止性规定的前提下，允许当事人意思自治。这意味着，借款合同的条款可以由双方自由协商确定，只要不违反法律法规的强制性规定。
- 民间借贷纠纷：则对当事人的意思自治有一定的限制。例如，约定的利息不得超过法定上限（如同期银行贷款利率的四倍），超过部分不予支持。这是为了保护借贷双方的合法权益，防止高利贷等不公平现象的发生。
法律适用与管辖不同：
- 借款合同纠纷：可能涉及更多的金融法律法规，且由于可能涉及金融机构，其管辖法院的选择也可能更为复杂。
- 民间借贷纠纷：则主要适用《民法典》中关于借贷合同的规定。在管辖上，通常根据被告住所地或合同履行地来确定管辖法院。民间借贷纠纷中所谓“接受货币一方所在地”有两种情形：一是出借人所在地，二是借款人所在地。具体选择哪个地点作为合同履行地，需要根据纠纷的具体内容来确定。
在实际操作中，如何区分并处理这两种纠纷：
- 当涉及金融机构的借款时，应归类为借款合同纠纷，并依据相关金融法律法规进行处理。
- 当发生在个人与个人、个人与企业或企业与企业之间，且不涉及金融机构的借款时，应归类为民间借贷纠纷，并依据《民法典》中关于借贷合同的规定进行处理。
- 在处理这两种纠纷时，都应注重证据的收集和认定，确保纠纷的公正解决。
举例说明：
- 假设A公司向B银行借款，并签订了借款合同。后因A公司未能按时还款，B银行提起诉讼。此时，应归类为借款合同纠纷，并依据相关金融法律法规和借款合同条款进行处理。
- 假设C个人向D个人借款，并出具了借条。后因C个人未能按时还款，D个人提起诉讼。此时，应归类为民间借贷纠纷，并依据《民法典》中关于借贷合同的规定和借条等证据进行处理。
希望以上分析能帮助您更好地理解借款合同纠纷和民间借贷纠纷在案由上的区别。如果您在实际操作中遇到任何问题，欢迎直接向我咨询。