公司已被申请破产后又签署了协议，该协议的处理需视具体情况而定，核心在于管理人的选择权及合同对破产程序的影响。以下从不同角度为您详细分析：
一、管理人对未履行完毕合同的选择权
根据《企业破产法》的相关规定，法院受理破产申请后，管理人对破产申请受理前成立而债务人和对方当事人均未履行完毕的合同，有权决定解除或者继续履行。这一规定同样适用于公司被申请破产后新签署的协议（若该协议属于未履行完毕的合同范畴）。
继续履行：
- 若管理人认为继续履行该协议对破产企业的经营或财产保值有益，可以选择继续履行。
- 继续履行时，对方有权要求管理人提供担保。若管理人不提供担保，则视为解除合同。
- 对方基于继续履行的合同所产生的债权，属于共益债务，在破产财产中优先偿还。
解除合同：
- 若管理人认为继续履行该协议不利于破产程序，或会损害债权人利益，可以选择解除合同。
- 合同解除后，对方因合同解除所遭受的损失，可以通过申报债权的方式，按照破产债权的顺序参与分配。
- 对方的损害赔偿请求权作为普通破产债权申报。
二、协议签署的时间点与效力
- 破产申请受理后签署的协议：虽然公司已被申请破产，但破产程序并未立即终结，此时签署的协议在法律上仍可能具有效力。然而，其履行与否将受到管理人选择权的制约。
- 协议效力不受破产申请直接影响：从法律原理上讲，企业破产并不当然导致其此前或破产申请受理后签订的合同无效。合同效力的判断主要依据合同订立时是否符合法律规定的生效要件，除非存在法定无效情形（如违反法律法规强制性规定、恶意串通损害第三人利益等），否则合同依然有效。
三、实际操作中的注意事项
- 及时通知：无论是决定继续履行还是解除合同，管理人都需按照法定程序及时通知对方，以保障各方的合法权益。
- 申报债权：若合同被解除，对方需及时申报债权，并按照破产债权的顺序参与分配。
- 提供担保：若管理人选择继续履行合同，应考虑对方可能要求的担保，并评估提供担保的可行性和风险。
四、可能面临的法律后果
- 若管理人未依法行使选择权：可能面临对方当事人的法律诉讼，要求确认合同效力或赔偿损失。
- 若对方未依法申报债权：可能丧失在破产程序中受偿的机会。
- 若管理人提供担保后无法履行：可能面临担保责任，进一步加剧破产企业的财务困境。
建议：面对公司已被申请破产后又签署协议的情况，应尽快咨询专业律师，评估协议对破产程序的影响，以及管理人应如何依法行使选择权。同时，与协议对方保持沟通，确保各方权益得到妥善保障。如有任何法律问题，可直接向我咨询，我将为您提供专业的法律意见。