针对您提出的“刑事案件事实不清证据不足应该怎么办”的问题，这是一个涉及刑事诉讼程序和法律原则的重要问题。以下是我为您提供的详细解答：

在刑事诉讼中，当遇到事实不清、证据不足的情况时，我们需要依据刑事诉讼法的相关规定和原则来处理。

一、侦查阶段

在侦查阶段，如果公安机关认为收集到的证据不足以支持对犯罪嫌疑人的指控，他们有权中止调查。这意味着，如果证据不充分，公安机关不会继续推进案件，而是会暂停调查，等待更多证据的出现或者根据现有证据作出其他决定。

二、审查起诉阶段

当案件进入检察院审查起诉阶段时，检察机关会对案件进行全面审查。如果检察机关认为证据不足，无法支持起诉，他们有权要求公安机关撤销案件，或者自行决定不起诉。这是检察机关对案件质量的一种把控，确保只有证据充分、事实清楚的案件才会进入审判阶段。

三、审判阶段

在法院审判阶段，法官会根据已经查明的事实和证据来作出判决。根据《刑事诉讼法》的相关规定，如果证据不足，不能认定被告人有罪的，法院应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。这是“疑罪从无”原则的具体体现，即在没有充分证据证明被告人有罪的情况下，应当判定被告人无罪。

四、法律依据

这一处理原则的法律依据在于《刑事诉讼法》的相关规定。特别是该法第二百条明确规定，在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出有罪判决、无罪判决或者证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。

五、实践意义

在实际操作中，坚持“疑罪从无”和“证据裁判”原则对于保障人权、防止冤假错案具有重要意义。它要求司法机关在办理刑事案件时，必须严格依照法律规定和证据标准来认定犯罪事实，确保每一个判决都经得起法律和时间的检验。

综上所述，当刑事案件遇到事实不清、证据不足的情况时，我们应当依据刑事诉讼法的相关规定和原则来处理。在侦查阶段，公安机关可以中止调查；在审查起诉阶段，检察机关可以要求撤案或不起诉；在审判阶段，法院应当作出无罪判决。这些处理方式都体现了对法律原则的坚守和对人权的保障。