协议书代表公司由个人签字并按手印，其效力需分情况讨论：

1. 若个人获得公司明确授权：

   • 效力认定：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人采用合同书形式订立合同时，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。若个人获得公司的明确授权，代表公司签字并按手印，则该行为视为公司行为，协议书对公司具有法律效力。
   • 法律依据：依据《民法典》第一百六十五条：“授权委托书应当载明代理人的姓名或者名称、代理事项、权限和期限，并由被代理人签名或者盖章。”若个人持有公司出具的合法授权委托书，并在授权范围内签字按手印，则协议有效。
   • 实践建议：为确保协议效力，公司应出具正式的授权委托书，明确代理人的权限和期限，并由公司法定代表人或负责人签字盖章。

2. 若个人未获得公司明确授权：

   • 效力认定：若个人未获得公司的明确授权，擅自代表公司签字并按手印，则该行为可能构成无权代理。在此情况下，协议书对公司不具有法律效力，除非公司事后追认。
   • 法律依据：依据《民法典》第一百七十一条：“行为人没有代理权、超越代理权或者代理权终止后，仍然实施代理行为，未经被代理人追认的，对被代理人不发生效力。”因此，若个人无权代理，公司有权拒绝承认协议效力。
   • 实践建议：为避免法律风险，公司在签订协议前应核实签字人的身份和授权情况。若发现无权代理行为，应及时采取措施，如发出书面声明拒绝追认，以防止协议对公司产生不利影响。

3. 协议书效力的其他条件：

   • 内容合法性：无论个人是否获得授权，协议书的内容必须合法，不得违反法律法规的强制性规定或公序良俗。否则，协议书可能被认定无效。
   • 当事人行为能力：签字人必须具备相应的民事行为能力，能够对自己的行为负责。若签字人为无民事行为能力人或限制民事行为能力人，则协议书可能无效或可撤销。
   • 真实意思表示：协议书必须是当事人真实意思的表示，不得存在欺诈、胁迫等情形。否则，受损害方有权申请撤销协议。

总结与建议：

• 协议书代表公司由个人签字并按手印的效力取决于个人是否获得公司的明确授权。若获得授权，则协议书对公司具有法律效力；若未获得授权，则可能构成无权代理，协议书对公司不具有法律效力。
• 为确保协议效力，公司应严格管理授权行为，出具正式的授权委托书，并在签订协议前核实签字人的身份和授权情况。
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