针对您提出的“违法没收的集体土地上的建筑物怎么办证”的问题，这是一个涉及法律程序和行政处置的复杂问题，我将结合相关法律法规和实际操作流程，为您详细解答。
首先，我们需要明确的是，违法没收的集体土地上的建筑物，其处置权通常归属于县级以上人民政府自然资源主管部门。根据《土地管理法》及相关实施条例，对于非法占用土地或非法转让土地上新建的建筑物和其他设施，自然资源主管部门有权作出没收决定。
一、没收后的处置流程
移交管理：
- 自然资源主管部门在作出没收决定后，应按照《土地管理法实施条例》和《自然资源行政处罚办法》的规定，于九十日内将没收的建筑物和其他设施移交本级人民政府或者其指定的部门依法管理和处置。
- 移交过程中，应填写《非法财物移交书》，并连同《行政处罚决定书》一并移交。
处置方式：
- 没收的建筑物和其他设施，在处置上一般有两种方式：拆除或保留。
- 拆除适用于那些不符合规划、存在安全隐患或无法通过补办手续合法化的建筑物。
- 保留则适用于那些符合规划、可以通过补办相关审批手续使其合法化的建筑物。
二、关于办证问题
对于没收的违法建筑物，如果希望办理相关证件（如房产证），通常需要满足以下条件：
完善审批手续：
- 没收的建筑物如果希望保留并合法化，必须完善其规划、消防、建设、用地等相关审批手续。
- 这包括办理农用地转用手续（如果涉及农用地）、建设工程规划许可证、施工许可证等。
符合规划要求：
- 建筑物必须符合当地的土地利用总体规划和城乡规划要求。
- 如果不符合规划，即使补办了相关手续，也可能无法获得合法的产权证明。
政府或指定部门处理：
- 没收后的违法建筑物属于国有资产，应由人民政府或指定的部门依法依规处理。
- 只有经过政府或指定部门的同意，并按照相关程序办理完所有审批手续后，才有可能获得合法的产权证明。
三、实际操作中的注意事项
- 在实际操作中，由于各地法律法规和政策可能存在差异，因此具体处置方式和办证流程可能因地区而异。
- 建议您在处理此类问题时，先咨询当地自然资源主管部门或相关政府部门，了解具体的处置政策和办证流程。
- 同时，由于违法建筑物的处置涉及法律程序和行政审批，因此建议您在处理过程中保持谨慎，并遵循相关法律法规的规定。
综上所述，违法没收的集体土地上的建筑物要办理相关证件，需要完善相关审批手续、符合规划要求，并经过政府或指定部门的同意和处理。希望这些解答能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时咨询。