合作社更换法人代表的程序主要包括以下几个步骤，我会为您详细阐述：

首先，您需要准备一份《农民专业合作社登记(备案)申请书》，这是进行法人代表变更登记的基础文件。

接下来，如果变更登记事项涉及到了合作社（联合社）的章程修改，那么您需要提交一份修改章程的决议。这份决议应该明确反映出章程修改的内容和原因，以确保所有成员都了解并同意这一变更。

同时，您还需要准备修改后的章程或者章程修正案，并且这份文件需要由新的法定代表人进行签署。这是为了确认新的法人代表对修改后的章程或修正案的认可和接受。

此外，根据合作社（联合社）章程的规定，您还需要提交一份任免职决议。这份决议应该明确说明原法人代表的免职原因和新法人代表的任职决定，以确保变更过程的合法性和合规性。

如果原法人代表更改了姓名，那么您需要提交公安部门出具的证明。不过，如果自然人更改姓名后，其身份证号码与更改姓名前一致，那么就无需提交公安部门证明，只需提交新的身份证件复印件即可。

另外，如果法律、行政法规和国务院决定规定合作社（联合社）变更事项必须报经批准，那么您还需要提交有关的批准文件或者许可证件复印件。这是为了确保变更过程符合相关法律法规的要求。

最后，如果您已经领取了纸质版营业执照，那么在办理法人代表变更登记时，您需要缴回营业执照的正、副本。这是为了更新营业执照上的信息，确保其与新的法人代表一致。

综上所述，合作社更换法人代表的程序包括准备申请书、提交修改章程的决议和修改后的章程或修正案、提交任免职决议、提交相关证明文件（如需要）、提交批准文件或许可证件复印件（如需要）以及缴回营业执照正、副本等步骤。希望这些信息能对您有所帮助。