员工擅自离职，公司一般不可以扣工资。以下从不同角度为您详细分析：

法律规定角度

根据《劳动合同法》及相关规定，工资是员工付出劳动应得的报酬，用人单位应当按照合同约定及时足额支付工资，不得非法克扣工资或者拖延支付。即便员工擅自离职，这属于违反劳动合同约定或单位规章制度的行为，但单位不能以此为由直接扣发其全部工资。劳动者已提供劳动部分对应的报酬不应被剥夺，企业要及时了解、确认员工离职的真实原因，并积极履行通知解除劳动关系的程序，以避免可能发生的争议和风险。

损失赔偿角度

如果劳动者擅自离职给用人单位造成了经济损失，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。在这种情况下，单位应及时收集能证明因劳动者擅自离职造成经济损失的相关证据，通过合法途径维护自身权益，而不是随意扣发工资。例如，员工突然离职导致项目中断，企业为挽救项目额外支出费用，企业可要求员工赔偿该损失，但需有证据证明损失与员工擅自离职存在因果关系。

企业应对措施角度

企业可采取以下合理措施应对员工擅自离职：

1. 及时沟通：与员工进行沟通，了解其离职原因，要求其按规定办理离职手续。
2. 依据规章制度处理：若沟通无效，企业可依据合法、合理且经过民主程序制定并公示的规章制度处理，如旷工达到一定天数，按严重违纪解除劳动合同。但规章制度需确保合法、合理且经过民主程序制定并公示，否则可能面临法律风险。

建议：企业不能随意扣发擅自离职员工的工资，但可依法要求赔偿损失，并通过合理方式处理此类情况。若您遇到员工擅自离职相关问题，或有其他劳动纠纷方面的疑问，都可以直接向我咨询，我会为您提供专业、全面的法律解答。