公司在有债务纠纷的情况下被注销，通常是违规的，除非满足特定条件并依法完成清算程序。以下是对这一问题的详细分析：

一、公司注销的法定程序与债务纠纷处理

根据《中华人民共和国民法典》及《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司要合法注销，必须遵循严格的法定程序，其中核心环节是清算。清算的目的是为了彻底清理公司的债权债务关系，确保所有债权人的权益得到妥善处理。具体程序包括：

1. 成立清算组：公司在解散事由出现后的十五日内，应成立清算组，开始清算工作。
2. 通知债权人并申报债权：清算组需通知债权人，并在规定时间内通过报纸公告。债权人应在接到通知后或自公告之日起一定期限内，向清算组申报其债权。
3. 清理债权债务与制定清算方案：清算组需清理公司财产，编制资产负债表和财产清单，随后制定清算方案，并提交给股东会、股东大会或人民法院确认。
4. 清偿顺序与剩余财产分配：公司财产在支付清算费用、职工工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，以及清偿公司债务后，如有剩余，将按股东的出资比例或股份比例进行分配。
5. 申请注销登记：清算结束后，清算组需制作清算报告，经确认后报送公司登记机关，申请注销公司登记，并公告公司终止。

若公司在存在债权债务纠纷且未依法进行清算的情况下尝试注销，将面临严重的法律后果。

二、未处理债权债务即注销的后果

1. 股东责任：若公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任以逃避债务，严重损害债权人利益，将对公司债务承担连带责任。若公司未经清算即办理注销登记，导致无法清算，债权人可主张有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及实际控制人对公司债务承担清偿责任。
2. 清算组成员责任：清算组成员需忠于职守，依法履行清算义务。因故意或重大过失给公司或债权人造成损失的，应承担赔偿责任。
3. 债权人救济途径：如公司未经依法清算即被注销，债权人可根据相关法律规定，向已注销公司的股东、发起人或出资人请求赔偿，以维护自身合法权益。

三、特殊情况下的处理

如果在清算过程中发现公司财产不足清偿债务，清算组应依法向人民法院申请宣告破产。公司经人民法院裁定宣告破产后，清算组需将清算事务移交给人民法院处理。

四、实际案例与监管机制

以宜昌三峡坝区检察院办理的一起“被负债”案为例，某公司在涉诉过程中违规注销，导致股东被追加为被执行人。该案引发了检察院对涉诉企业违规注销问题的关注，并促使相关部门联合出台了《关于涉诉企业违规注销登记的监管协作机制》，以防范类似情况的发生。这一机制建立了市场主体涉案信息互通共享平台，明确辖区内市场主体涉诉的，由法院、检察院向市场监督管理局致函，商请暂停办理涉诉企业的注销登记手续，防止涉诉企业通过违规注销逃避法律责任。

五、建议与结论

对于有债权债务纠纷的公司而言，必须先处理好这些纠纷，并按照法定程序完成清算（包括可能的破产清算），才能申请注销。任何试图绕过这一法定程序的行为都将面临严格的法律制裁。因此，如果公司面临债务纠纷并考虑注销，建议先咨询专业律师，确保依法进行清算和处理债务，以避免不必要的法律风险。

如果您在公司注销或债务纠纷处理方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。