结论是：法院是否有权查封您的厂房，取决于您是否已经合法取得了该厂房的所有权，以及该所有权是否能够对抗外部债权人的执行请求。以下从不同角度为您详细分析：
一、若您未取得合法产权，法院有权查封
无证厂房的产权问题：
- 您两年前购买的无证厂房，由于缺乏合法的产权证明（如房产证），在法律上可能并未完成产权的转移。即使您已经支付了款项并实际占有使用，但在法律层面，该厂房的所有权可能仍然归属于卖方。
法院查封的依据：
- 当卖方因负债成为被执行人时，其名下的财产（包括可能仍登记在其名下的无证厂房）都可能成为法院执行的对象。法院有权根据债权人的申请，对卖方的财产进行查封、拍卖等执行措施。
二、若您已取得合法产权，且能对抗执行，则法院无权查封
合法产权的取得：
- 如果您通过合法途径（如补办相关手续、获得政府认可等）取得了该厂房的合法产权，并且该产权已经得到了法律的确认和保护，那么您对该厂房享有完整的所有权。
对抗执行的情形：
- 根据《最高人民法院关于人民法院办理执行异议和复议案件若干问题的规定》，如果买受人能够证明其对执行标的享有足以排除强制执行的民事权益，那么法院应当裁定中止执行。这通常要求买受人证明其已经支付了全部价款、实际占有使用该财产，并且对未办理过户登记没有过错。
- 在您的情况下，如果您能够提供充分的证据证明您已经合法取得了该厂房的所有权，并且该所有权能够对抗外部债权人的执行请求，那么法院应当尊重您的产权，不得随意查封。
三、建议与措施
收集证据：
- 无论您是否已经取得了合法产权，都建议您尽快收集相关证据，如购房合同、付款凭证、实际占有使用的证明等，以备不时之需。
咨询专业律师：
- 鉴于房产纠纷的复杂性和法律程序的严谨性，我建议您直接向我咨询，以便根据您的具体情况制定合适的应对策略。
考虑法律途径：
- 如果法院已经对您的厂房进行了查封，并且您认为该查封行为侵犯了您的合法权益，那么您可以考虑通过法律途径（如提出执行异议、申请再审等）来维护自己的权益。
最后需要强调的是，房产纠纷的处理需要综合考虑多种因素，包括产权状况、合同条款、法律程序等。因此，在处理此类问题时，务必保持谨慎和理性，避免因一时冲动而做出不利于自己的决策。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。