农村土地流转后种树是否合法，需根据土地性质、流转合同约定及当地法律法规综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、土地性质是关键
基本农田：
- 根据《基本农田保护条例》的严格规定，基本农田保护区内禁止发展林果业。因此，如果流转的土地属于基本农田，则明确不可以种树。基本农田主要用于粮食等重要农产品的种植，未经法定程序审批，不得擅自改变其用途。
一般耕地：
- 对于一般耕地，法律并未明确禁止流转后用于栽树。但流转过程必须符合法律规定，且流转后的土地用途应符合农业用途。如果土地流转合同中明确约定了不得种树或规定了具体的土地用途，必须严格按照合同履行，不得擅自改变土地用途种树。否则，将构成违约并承担相应法律责任。
- 同时，种树也需符合当地的土地利用总体规划。若种树改变了土地的农业用途性质，与当地规划不符（如该区域被规划为粮食种植区），则不允许种树。相反，如果当地规划允许在一般耕地上适度发展林果业等特色农业，并且符合相关标准和要求，则可以种树。
林地等其他农用地：
- 如果流转的土地本身性质就是林地等适宜树木种植的农用地，那么通常是可以种树的。但在此过程中，仍需遵守林业相关法律法规，如涉及林木采伐等需办理相应许可证等手续。
二、流转程序与合同约定
遵循合法的流转程序：
- 土地流转应当遵循法定的程序，包括签订书面流转合同、明确双方的权利和义务、流转土地的用途、流转期限等内容，并向相关部门备案。未按照法定程序进行流转的土地，其流转行为可能无效或面临法律风险。
合同约定优先：
- 在土地流转合同中，如果明确约定了不得种树或规定了具体的土地用途，必须严格按照合同履行。如有不明确或疑问之处，应及时寻求法律解答，避免擅自改变土地用途而引发法律纠纷。
三、其他注意事项
遵守生态保护规定：
- 在一些生态保护区域内，为了维护生态平衡和生态安全，可能对土地的利用有严格的限制，禁止或者限制栽树等行为。流转土地前应了解当地的生态保护政策，确保流转后的土地使用不违反相关规定。
关注当地政府政策：
- 当地政府关于农村土地承包经营权流转的具体政策和规定可能有所不同。在进行土地流转时，应关注并遵守当地政府的政策和规定，以确保流转行为的合法性和有效性。
建议：在决定是否在流转的土地上种树之前，强烈建议您先了解清楚土地的性质、当地的土地利用规划和相关法律法规。同时，仔细审查土地流转合同，确保合同中关于土地用途的约定清晰明确。如有任何疑问或不确定之处，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供针对性的法律分析和建议。