耕地被地方政府流转后种树是否合法，需根据流转耕地的性质、是否符合相关规划和政策、是否经过审批程序以及是否保障农民合法权益等多个因素综合判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 流转耕地的性质

   • 永久基本农田：根据《土地管理法》和《基本农田保护条例》，永久基本农田主要用于粮食和其他重要农产品的生产，禁止占用发展林果业。因此，若流转的是永久基本农田，地方政府流转后种树是违法的。
   • 一般耕地：对于非基本农田的一般耕地，法律虽未明确禁止种植果树，但国家实行耕地保护政策，严格控制耕地转为其他农用地。在一般耕地上种植果树需谨慎，应确保符合土地利用总体规划和农业产业发展规划。若未经批准擅自改变耕地用途，也可能构成违法。

2. 是否符合相关规划和政策

   • 若地方政府流转耕地的行为符合土地利用总体规划、农业产业发展规划等相关规划要求，且旨在促进农业产业结构调整、推动农业现代化发展、增加农民收入等合法合理的目的，则流转行为通常合法。但需注意，即使符合规划，也需确保不改变耕地的农业用途，除非经过法定程序批准。

3. 是否经过审批程序

   • 无论流转的耕地是何性质，若要对土地进行改变用途的操作（如将耕地变为林地），都需经过相应的审批程序，并确保不破坏土地的耕作层。未经批准擅自改变耕地用途的，构成违法。地方政府在流转耕地后种树，若未经过审批程序，则可能面临法律责任。

4. 是否保障农民合法权益

   • 在耕地流转过程中，政府应充分尊重农民的意愿，不得采取强迫、欺骗等手段迫使农民流转土地，并应给予农民合理的补偿。侵害农民合法权益的流转行为是违法的。地方政府在流转耕地后种树，若未保障农民的合法权益，也可能构成违法。

法律责任与后果：

• 若地方政府违反上述规定，在永久基本农田上种植果树或未经批准擅自改变耕地用途，将面临罚款等法律责任。罚款金额通常为占用基本农田的耕地开垦费的1倍以上2倍以下。若构成犯罪，还将依法追究刑事责任。

建议与指导：

• 对于地方政府流转耕地后种树的行为，若您认为可能违法或侵害了您的合法权益，建议首先了解清楚当地的法律法规和政策规定。
• 您可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况，提供更准确的法律意见和可能的维权途径。

综上所述，耕地被地方政府流转后种树是否合法，需根据多个因素综合判断。在实际操作中，政府应严格遵守相关法律法规和政策要求，确保流转行为的合法性和合规性。若您对此有疑问或担忧，欢迎随时向我咨询。