结论前置：

1. 一般情况下，若涉及土地承包经营权纠纷且合同中有仲裁条款，应先申请仲裁；若无仲裁条款，可直接向法院起诉。
2. 若漏登问题涉及行政登记行为违法，可直接提起行政诉讼。

详细分析：

在处理承包经营土权证漏登且户主不同意补办的问题时，选择向土地仲裁委申请仲裁还是直接向法院起诉，需根据具体情况和法律规定来判断。

一、仲裁途径

适用条件：

• 双方当事人在土地承包合同中明确约定了仲裁条款，即约定了发生争议时提交仲裁解决。
• 仲裁条款需符合《中华人民共和国仲裁法》的规定，具有明确的仲裁机构和仲裁事项。

操作步骤：

1. 确认仲裁条款：首先检查土地承包合同中是否有仲裁条款，并确认该条款是否有效。
2. 提交仲裁申请：若存在有效仲裁条款，可向约定的仲裁机构提交仲裁申请，附上相关证据材料。
3. 参与仲裁程序：按照仲裁机构的安排，参与仲裁庭审，陈述事实、提供证据、进行辩论。
4. 执行仲裁裁决：若仲裁裁决支持补办土权证，且户主仍不配合，可向法院申请强制执行。

二、诉讼途径

适用条件：

• 双方当事人未在土地承包合同中约定仲裁条款，或仲裁条款无效。
• 漏登问题涉及行政登记行为的合法性，如认为土地管理部门在登记过程中存在违法行为。

操作步骤：

1. 选择诉讼类型：
   • 民事诉讼：若漏登问题属于民事纠纷，如因合同履行、权益侵害等引发的争议，可向法院提起民事诉讼。
   • 行政诉讼：若漏登问题涉及行政登记行为的合法性，如认为土地管理部门未依法履行登记职责，可向法院提起行政诉讼。
2. 准备诉讼材料：根据诉讼类型，准备起诉状、证据材料等。
3. 提交诉讼申请：向有管辖权的法院提交诉讼申请，并缴纳诉讼费用。
4. 参与诉讼程序：按照法院的安排，参与庭审，陈述事实、提供证据、进行辩论。
5. 执行法院判决：若法院判决支持补办土权证，且户主仍不配合，可向法院申请强制执行。

三、特别提示

• 仲裁与诉讼的选择：根据《中华人民共和国仲裁法》的规定，仲裁实行一裁终局制度，即仲裁裁决作出后，当事人就同一纠纷再申请仲裁或者向人民法院起诉的，仲裁委员会或者人民法院不予受理。因此，在选择仲裁或诉讼时，需谨慎考虑。
• 行政诉讼的特殊性：若漏登问题涉及行政登记行为的合法性，行政诉讼是解决此类问题的直接途径。在行政诉讼中，法院将审查行政行为的合法性，并作出相应的判决。

在处理此类问题时，建议根据具体情况和法律规定，选择合适的解决途径。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。