员工离职两年后，公司是否还能追究责任，需视具体情况而定，主要取决于纠纷的性质以及相关法律规定的时效限制。以下从不同角度进行详细分析：
一、民事纠纷角度
诉讼时效：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，普通民事纠纷的诉讼时效期间为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。这意味着，如果离职引发的纠纷属于民事范畴，如工资未结清、经济补偿未到位等，即便员工已离职两年，公司仍有权在知道或应当知道权利被侵害之日起三年内提起诉讼。然而，由于可能超过诉讼时效，公司面临败诉风险的概率较大。
实际操作建议：
- 公司应及时主张权利，避免超过诉讼时效。一旦发现员工应被追究责任的行为，应尽快通过法律途径维权，如提起诉讼或申请仲裁。
- 同时，公司应保留好相关证据，如工资单、经济补偿协议等，以证明员工行为对公司造成了损失或侵害了权益。
二、劳动争议角度
仲裁时效：
- 依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，自当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。这主要适用于工资、加班工资、经济补偿金等劳动争议。例如，若发现员工离职前存在未支付加班工资的情况，公司应在一年内提起仲裁申请。
特殊情况：
- 劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生争议的，劳动者申请仲裁不受一年时效限制。但是，劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
三、刑事犯罪角度
追诉时效：
- 如果离职纠纷涉及特殊犯罪行为，如职务侵占、挪用公款等，司法机关在追究刑事责任时不受民事诉讼时效的限制。根据《中华人民共和国刑法》第八十七条，对于涉嫌犯罪的员工，追诉时效根据法定最高刑确定，从五年到二十年不等。例如，职务侵占罪数额较大的，处五年以下有期徒刑，因此离职后五年内司法机关可追诉。
实际操作建议：
- 一旦发现员工涉嫌犯罪，公司应立即向公安机关报案，由司法机关依法追究其刑事责任。
- 公司应配合司法机关的调查工作，提供必要的证据和协助。
四、公司规章制度与业务约定角度
- 公司规章制度或与员工签订的协议中，可能包含离职后追究工作责任的具体约定。只要这些约定不违反法律法规，即为有效。例如，约定员工离职后两年内对其参与的项目负有保密和质量保证责任。在这种情况下，公司可以依据规章制度或协议追究员工的责任。
总结与建议：
- 明确纠纷性质：公司应首先明确离职时具体涉及的法律问题，是民事纠纷、劳动争议还是刑事犯罪，以便准确判断是否还能追究责任。
- 及时主张权利：一旦发现员工应被追究责任的行为，公司应及时通过法律途径维权，避免超过诉讼时效。
- 保留证据：公司应确保有足够证据证明员工行为对公司造成了损失或侵害了权益，这是成功追责的关键。
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