检察机关在批捕妨害公务罪后，根据案件的具体情况和法律规定，确实存在作出不起诉决定的可能性。

一、不起诉决定的法律依据与概述

批捕是检察机关在审查案件后认为有逮捕必要而采取的强制措施，它并不等同于最终的有罪认定。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，人民检察院在对案件进行审查后，若认为犯罪嫌疑人的行为不符合起诉条件或没有必要起诉，可以依法作出不起诉决定。

二、妨害公务罪不起诉的具体情形

1. 法定不起诉：

   • 若犯罪嫌疑人在妨害公务的行为中，情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条的规定，人民检察院应当作出不起诉决定。
   • 若犯罪已过追诉时效期限，或存在其他法定不起诉的情形，如犯罪嫌疑人死亡等，也应依法作出不起诉决定。

2. 酌定不起诉：

   • 对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的妨害公务行为，人民检察院可以作出不起诉决定。例如，犯罪嫌疑人系初犯、偶犯，且真诚悔罪，积极赔偿损失或取得被害人谅解等情形。

3. 证据不足不起诉：

   • 若经过补充侦查，人民检察院仍然认为证据不足，不符合起诉条件的妨害公务案件，应当作出不起诉决定。这意味着，即使案件已经批捕，但如果证据不足以达到起诉标准，检察院也会依法作出不起诉决定。

综上所述，妨害公务检察院批捕后，并不意味着一定会起诉。根据案件的具体情况和法律规定，检察机关有可能作出不起诉决定。这一制度设计旨在确保司法的公正性和合理性，保护犯罪嫌疑人的合法权益不受侵犯。如有进一步需要，您可以继续咨询我。