当遇到客户使用假公章且不认可的情况时，您可以按照以下步骤来处理：
一、申请专业鉴定
司法机关介入：您可以向当地的司法机关（如公安局、法院等）提出申请，请求他们介入调查，并委托具备资质的司法鉴定机构对公章进行全面鉴定。
自行委托鉴定：如果司法机关暂时无法介入，您也可以自行委托有资质的司法鉴定机构进行公章鉴定。鉴定内容应包括公章的真伪以及是否存在伪造的痕迹。
鉴定意见作为证据：鉴定机构出具的鉴定意见将作为后续处理中的关键证据，有助于您证明公章的真伪。
二、收集间接证据
调查相关文件：对公章使用过程中涉及的文件、合同、往来函件等资料进行详细调查。仔细查看其中的笔迹、签名、日期等信息，看是否与实际情况存在不符。
询问相关证人：寻找并询问与公章使用相关的证人，了解公章的使用场景、来源等具体情况。证人的证言可能成为证明公章真伪的重要间接证据。
三、法律途径解决
民事诉讼：如果收集到的证据足以证明客户使用了假公章，并且该行为导致了您的损失，您可以向法院提起民事诉讼，要求认定相关合同无效，并追究客户的民事责任。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，无效的民事法律行为自始没有法律约束力，行为人因该行为取得的财产应当予以返还或折价补偿，有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失。
刑事诉讼：如果客户的伪造公章行为达到了刑事犯罪的标准，即构成了伪造公司、企业、事业单位、人民团体印章罪，您还可以向公安机关报案，要求追究客户的刑事责任。
四、预防措施
为了避免类似情况的发生，建议您在与客户签订合同时，采取以下预防措施：
核实公章真实性：在签订合同前，尽量核实对方公章的真实性。可以通过查询对方公司的官方信息、要求对方提供公章备案证明等方式进行核实。
增加合同条款：在合同中增加关于公章真实性的条款，明确如果对方使用假公章将承担的法律责任。
保留证据：在合同签订和履行过程中，保留好所有相关证据，包括合同文本、往来函件、付款凭证等，以备不时之需。
综上所述，当遇到客户使用假公章且不认可的情况时，您应通过申请专业鉴定、收集间接证据、采取法律途径解决以及加强预防措施等方式来维护自己的合法权益。