工程款是否会被公司拿走以及是否合法，这并非一个简单的是非问题，而是需要依据具体情况和法律规定来综合判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：

1. 合法情形下的工程款支付

在合法的建设工程合同关系中，工程款应当按照合同约定的方式和时间支付给承包方或实际施工人。如果公司（发包方）按照合同约定，将工程款支付给了具有合法收款权利的承包方或实际施工人，那么这种行为是合法的，工程款不会被“非法拿走”。

2. 非法情形下的工程款挪用或侵占

• 挪用工程款：如果公司（发包方或相关管理人员）未经合法程序，擅自将工程款用于其他非工程目的，如个人消费、投资其他项目等，这就构成了挪用工程款的行为。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，挪用资金用于个人使用或非法活动，数额较大且超过一定期限未还的，可能构成挪用资金罪，需要承担刑事责任。

• 侵占工程款：如果公司（发包方）或相关人员通过虚假手段、伪造文件等方式，将本应支付给承包方或实际施工人的工程款非法占为己有，这就构成了侵占工程款的行为。根据《中华人民共和国刑法》中关于职务侵占罪或诈骗罪的规定，这种行为也可能构成犯罪，需要承担相应的刑事责任。

3. 合同违约与工程款支付

如果公司（发包方）未按照合同约定支付工程款，即使没有直接“拿走”工程款，也构成了合同违约。承包方或实际施工人有权依据合同约定和法律规定，要求公司支付工程款及可能产生的违约金、利息等。在这种情况下，公司需要承担的是民事责任，而非刑事责任。

4. 实际施工人的权益保护

对于实际施工人而言，如果公司（发包方）未将工程款支付给具有合法收款权利的承包方，而是直接支付给了其他无权收款的人，或者公司本身就存在非法挪用、侵占工程款的行为，实际施工人可以通过法律途径维护自己的权益。例如，实际施工人可以依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》等相关规定，向法院提起诉讼，要求公司支付工程款及赔偿损失。

建议：

• 如果你作为承包方或实际施工人，发现公司存在非法挪用、侵占工程款的行为，或者公司未按照合同约定支付工程款，建议你及时收集相关证据，如合同、付款凭证、沟通记录等，并向法院提起诉讼或向相关部门举报。

• 如果你作为公司（发包方）的相关管理人员，需要严格遵守合同约定和法律规定，确保工程款的合法支付和使用，避免因非法行为而承担法律责任。

最后，如果你在处理工程款支付问题时遇到任何法律困惑或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业、全面的法律建议。