针对您从原单位辞职后注册证书的处理问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，根据《注册建造师执业管理办法》(建市]〔2008〕48号)的相关规定，当您与原聘用企业解除劳动关系后，若需要注销注册证书，应提供与原聘用企业解除劳动关系的有效证明材料。这是申请注销注册的基本前提。

若您已经从原单位辞职，并且公司已经出具了离职证明，同时停止了为您缴纳医社保，但原单位却不予配合注销您的注册证书，您可以采取以下步骤来处理：

1. 准备相关材料：

   • 离职证明：作为您与原单位解除劳动关系的直接证据。
   • 申请报告：撰写一份详细的申请报告，注明您的注册经历、与原单位的纠纷情况，并在报告落款处亲笔签字并按手印。

2. 提交申诉：

   • 将上述准备好的离职证明和申请报告（原件及复印件）提交至省注册中心注册科进行申诉。
   • 申诉时，请确保所有材料的真实性和完整性，以便注册中心能够准确了解您的情况并作出相应处理。

3. 关注处理进展：

   • 提交申诉后，您可以关注省注册中心的处理进展，或通过提供的联系电话进行咨询。
   • 若注册中心需要您补充其他材料或提供进一步的信息，请积极配合并及时提供。

4. 了解后续步骤：

   • 一旦注册中心受理了您的申诉并作出了处理决定，您将收到相应的通知。
   • 根据处理结果，您可能需要办理注册证书的注销手续或进行其他相关操作。

此外，如果您在处理过程中遇到任何困难或疑问，也可以考虑咨询专业的法律人士或相关机构，以获取更具体的指导和帮助。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。