针对您提出的“单证备案中没有盖章的委托报关协议是否有效”的问题，以下是我的详细解答：

首先，我们需要明确的是，单证备案中的委托报关协议，其有效性并不完全取决于是否加盖了公章。虽然公章在法律上具有一定的证明效力，能够体现协议双方的真实意愿和确认，但在实际操作中，是否加盖公章并非判断协议有效性的唯一标准。

根据我了解到的信息，一般情况下，单证备案所需的报关代理委托协议，并不强制要求加盖报关行和出口方的公章。这主要是因为，在电子报关和单证备案的流程中，更注重的是协议内容的真实性和双方意愿的一致性，而非形式上的盖章。当然，如果双方能够加盖公章，无疑会进一步增强协议的法律效力和证明力。

然而，也需要注意到，不同地区和不同海关对于单证备案的具体要求可能存在差异。有些海关或地区可能出于管理需要，要求委托报关协议必须加盖公章。因此，在实际操作中，建议您最好先了解当地海关或相关部门的具体要求，以确保单证备案的顺利进行。

此外，即使委托报关协议没有加盖公章，只要协议内容真实、双方意愿一致，并且符合相关法律法规的规定，该协议仍然可能被视为有效。当然，在发生争议或纠纷时，未加盖公章的协议可能在证明力上相对较弱，需要其他证据来辅助证明。

综上所述，单证备案中没有盖章的委托报关协议，在一般情况下仍然可能被视为有效。但为了确保协议的法律效力和证明力，以及避免可能的争议和纠纷，建议您在签订协议时尽量加盖公章，并了解当地海关或相关部门的具体要求。