结论：在厂房双方还在诉讼中的情况下，能否办理移交需视具体情况而定，一般而言，诉讼期间厂房移交可能受限，但可通过协商或法院裁定进行。以下为详细分析：

1. 诉讼期间的一般原则：

   • 在诉讼期间，尤其是涉及财产权属争议的诉讼中，法院通常会根据案件情况，对争议财产采取保全措施，以防止财产在诉讼期间被转移、毁损或灭失，从而影响判决的执行。
   • 对于厂房这类不动产，如果其权属存在争议，且该争议正是诉讼的焦点，那么在诉讼期间，厂房的移交（即权属的变更）很可能会受到限制，以避免对诉讼结果产生不当影响。

2. 可能的例外情况：

   • 双方协商一致：如果诉讼双方能够在诉讼期间就厂房的移交达成一致意见，并且这种移交不会损害任何一方的合法权益，也不会影响诉讼的公正进行，那么双方可以签订协议，并在法院的监督或同意下进行移交。但这种情况较为少见，且需要严格的法律程序和条件。
   • 法院裁定：在某些特殊情况下，法院可能会根据案件的具体情况和需要，作出允许厂房在诉讼期间移交的裁定。这通常发生在移交对于保护当事人合法权益、避免更大损失或促进诉讼顺利进行具有必要性的情况下。

3. 建议与注意事项：

   • 如果双方希望在诉讼期间进行厂房移交，建议首先咨询专业律师，了解具体的法律程序和可能的风险。
   • 双方应尽可能通过协商达成一致意见，并确保移交过程合法、合规，避免引发新的法律纠纷。
   • 如果必须进行移交，且存在法律上的障碍或风险，可以考虑向法院申请裁定，以获取法律上的支持和保障。

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