医疗机构超出床位设置，违反了《医疗机构管理条例》第十九条的规定。具体来说：
一、法律规定
根据《医疗机构管理条例》第十九条：“医疗机构改变名称、场所、主要负责人、诊疗科目、床位，必须向原登记机关办理变更登记或者向原备案机关备案。” 这意味着，医疗机构如果需要增加床位，必须事先向相关卫生行政管理部门进行变更登记或备案，未经批准擅自增加床位是违法的。
二、违法后果
如果医疗机构未经批准擅自超出床位设置，将可能面临行政处罚，包括警告、罚款等。例如，杭州市某民营医院就因未经变更擅自增设床位至320张（核定床位数为160张），被行政机关警告并处罚款2万元。
三、床位设置的相关要求
核定床位数：这是指经卫生行政管理部门批准设置的床位数，是医疗机构执业登记的主要事项之一。医疗机构必须严格按照核定床位数进行运营，不得擅自超出。
实际开放床位数：这是指可以收治病人的固定病床数，与实有病床数的不同之处在于，它不包括因病房扩建或大修而停用的病床。医疗机构在核定床位数范围内“加床”时，应做好标识管理，加强护理安全，严守病区规范和相关要求。
病区规范：医疗机构在设置床位时，还应遵守病区规范，如普通病房的感染性疾病患者与非感染性疾病患者宜分室安置，同种感染性疾病、同种病原体感染患者宜集中安置等。
四、建议与措施
合规运营：医疗机构应严格遵守相关法律法规，确保床位设置符合核定要求，避免因违法而面临行政处罚。
及时变更登记：如果医疗机构需要增加床位，应及时向相关卫生行政管理部门进行变更登记或备案，确保运营合规。
加强内部管理：医疗机构应加强内部管理，确保床位使用符合病区规范和相关要求，提高诊疗和护理质量。
作为专业律师，我建议医疗机构在运营过程中务必遵守相关法律法规，确保床位设置合规。如果有任何关于医疗医患领域的法律问题，可以直接向我咨询。