医疗机构超出核定的床位数违反了《医疗质量管理办法》第十六条第二款之规定。具体分析如下：

一. 违法条款及处罚依据

1. 违法条款：根据《医疗质量管理办法》第十六条第二款，医疗机构应当按照核准登记的诊疗科目开展诊疗活动，不得超出核准登记的床位数。
2. 处罚依据：依据《医疗质量管理办法》第四十四条第（六）项的规定，对于超出核准登记的床位数开展诊疗活动的医疗机构，卫生健康行政部门可以予以警告的行政处罚，并责令立即改正违法行为。

二. 实例说明

• 例如，彝良山城精神病医院因实际使用床位超出核准登记床位，被昭通市卫生健康委员会依据上述规定予以警告的行政处罚，并责令立即改正违法行为。

我建议医疗机构应严格遵守《医疗质量管理办法》的相关规定，确保在核准登记的床位数范围内开展诊疗活动，以避免不必要的法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。