签订3个月合同但协议期为五个月，这样的条款一般是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
合同期限的合法性分析
合同期限应明确且一致：
- 合同是双方意思表示一致的协议，其中合同期限是合同的重要内容之一。根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同的内容应当明确、具体，包括合同的标的、数量、质量、价款或者报酬、履行期限、地点和方式等。
- 在您所描述的情况中，合同中约定的期限为3个月，但协议期却为五个月，这明显存在不一致。这种不一致可能导致合同履行过程中的纠纷，因为双方对合同期限的理解存在差异。
合同期限不一致的法律后果：
- 如果合同中的期限条款存在冲突或不明确，根据《民法典》的相关规定，可能视为双方对合同期限没有约定或者约定不明确。在这种情况下，双方可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
- 如果仍然无法确定合同期限，那么可能根据合同的性质和目的，以及公平原则等，由法院或仲裁机构来判定合理的合同期限。但这样的判定过程往往耗时耗力，且结果可能不如双方事先明确约定来得确定和有利。
具体建议
与对方协商修改合同：
- 如果您发现合同中的期限条款存在不一致，首先应与对方进行协商，看是否能够修改合同，使合同期限明确且一致。这样既可以避免后续的纠纷，也可以确保合同的顺利履行。
寻求法律帮助：
- 如果与对方协商无果，或者您对合同期限的合法性存在疑虑，可以寻求专业的法律帮助。作为专业律师，我可以为您提供详细的法律咨询和解决方案，帮助您维护自己的合法权益。
注意保留证据：
- 在处理合同纠纷时，证据是非常重要的。因此，您应注意保留与合同相关的所有证据，包括合同文本、沟通记录、付款凭证等。这些证据可能在后续的纠纷解决过程中发挥关键作用。
总结来看，签订3个月合同但协议期为五个月，这样的条款由于存在期限不一致的问题，一般是不合法的。为了避免后续的纠纷和损失，建议您及时与对方协商修改合同，或者寻求专业的法律帮助。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。