当公司通过职工代表大会或全体职工讨论通过降薪方案，但部分员工不认可时，这是一个涉及劳动合同变更和员工权益保护的复杂问题。以下是我为您提供的详细解答：
一、法律层面分析
劳动合同约定：
- 若劳动合同中明确约定了员工的岗位和薪酬，那么公司单方面降薪就属于变更劳动合同的行为。
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关劳动法律法规，用人单位变更劳动合同需与劳动者协商一致，并采用书面形式。未经员工同意擅自降薪，不符合法律规定。
降薪方案的合法性：
- 即使降薪方案通过了职工代表大会或全体职工的讨论，这并不意味着它自动具有法律效力。如果方案违反了劳动合同或相关法律法规，员工仍有权拒绝。
二、员工应对策略
与公司协商：
- 员工首先可以尝试与公司进行协商，表达自己对降薪方案的不认可，并要求公司恢复原薪酬水平。
- 协商过程中，员工可以提出自己的合理诉求，如保持原薪酬、调整工作安排等。
解除劳动合同并要求补偿：
- 如果协商无果，员工有权以此为由解除劳动合同，并要求公司支付经济补偿金。
- 经济补偿金的标准通常按照员工在本单位的工作年限，每满一年支付一个月工资的标准执行。
申请劳动仲裁：
- 如果公司拒绝支付经济补偿金或员工对补偿金额不满意，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 仲裁过程中，员工需要提供相关证据，如劳动合同、工资条、降薪通知等，以证明公司单方面变更劳动合同的行为违法。
三、具体操作建议
收集证据：
- 员工应尽快收集与降薪相关的所有证据，包括劳动合同、工资条、降薪通知、工作安排变动记录等。
- 这些证据将有助于员工在协商、仲裁或诉讼过程中证明自己的权益受到了侵害。
书面表达诉求：
- 员工在与公司协商或提出解除劳动合同时，应尽量以书面形式表达自己的诉求和理由。
- 书面表达可以确保双方对问题的理解一致，并作为后续法律程序的证据。
寻求法律援助：
- 如果员工对法律程序不熟悉或感到困惑，可以寻求专业的法律援助或咨询律师。
- 律师可以提供专业的法律意见和帮助，确保员工的权益得到充分保护。
四、总结与建议
面对公司通过职工代表大会或全体职工讨论通过的降薪方案，员工应首先了解自己的法律权益和劳动合同中的约定。如果降薪方案违反了劳动合同或相关法律法规，员工有权拒绝并采取相应的法律措施来维护自己的权益。在处理过程中，员工应保持冷静和理性，通过合法途径来表达自己的诉求和争取自己的权益。