区政府作为被告时，区政府下属部门出具的证明可以作为证据使用，但需满足一定条件并接受法院的审查。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、证据的法定性

根据《中华人民共和国行政诉讼法》及相关司法解释，证据是指能够证明案件事实的材料。这些材料包括书证、物证、视听资料、电子数据、证人证言、当事人的陈述、鉴定意见以及勘验笔录、现场笔录等。区政府下属部门出具的证明，若属于上述法定证据类型之一，且能够证明案件相关事实，则具有作为证据的资格。

二、证据的关联性与合法性

1. 关联性：证据必须与案件事实具有关联性，即能够直接或间接地证明案件中的某个或某些事实。区政府下属部门出具的证明，若其内容与案件事实紧密相关，能够证明区政府在行政行为中的合法性或非法性，则具有关联性。
2. 合法性：证据的收集、提供和审查必须符合法律规定。区政府下属部门出具的证明，若其出具过程合法，未违反法定程序或侵犯他人合法权益，则具有合法性。

三、证据的审查与采信

在行政诉讼中，法院会对当事人提供的证据进行审查，以确定其真实性、关联性和合法性。对于区政府下属部门出具的证明，法院会从以下几个方面进行审查：

1. 证明的真实性：法院会核实证明内容的真实性，包括证明所依据的事实是否真实存在、证明中的数据或信息是否准确等。
2. 证明的关联性：法院会审查证明内容与案件事实的关联性，以确定其是否能够证明案件中的某个或某些事实。
3. 证明的合法性：法院会审查证明的出具过程是否合法，包括出具证明的主体是否具有出具该证明的资格、出具证明的程序是否符合法律规定等。

四、特殊情况下的考虑

在某些特殊情况下，区政府下属部门出具的证明可能受到额外的审查或限制。例如，若该证明涉及国家秘密、个人隐私或商业秘密等敏感信息，法院可能会要求提供方进行额外的说明或证明。此外，若该证明与区政府的其他行政行为存在矛盾或不一致之处，法院也可能会对其真实性或合法性产生怀疑。

五、法律建议

1. 确保证据的合法性与关联性：在提供区政府下属部门出具的证明作为证据时，应确保证据的合法性与关联性，避免因证据问题而影响案件的审理结果。
2. 配合法院的审查工作：在法院对证据进行审查时，应积极配合法院的工作，提供必要的说明或补充材料，以确保证据能够被法院采信。
3. 寻求专业法律帮助：若对证据的提供或审查存在疑问或困惑，建议寻求专业律师的法律帮助，以确保自身权益得到充分保障。

如有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询。