迟到扣工资绩效是否合法，并非一概而论，而是取决于用人单位的规章制度是否合法、合理，以及劳动合同中是否有明确约定。以下是对此问题的详细分析：

一、合法扣除的情况

1. 规章制度明确规定：

   • 用人单位依法制定的规章制度中，必须明确将迟到行为与绩效工资挂钩，并详细规定扣减办法。
   • 该规章制度需通过民主程序制定，如经职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并已向劳动者公示或告知。
   • 示例：公司规定每月迟到3次以内扣绩效分5分，3次以上每次扣10分，且该规定已按上述程序制定并公示，则此规定有效。

2. 劳动合同有相关约定：

   • 劳动合同中应包含关于迟到与绩效工资关系的明确条款。
   • 该条款不得违反法律法规的强制性规定。
   • 示例：劳动合同中写明“若劳动者每月迟到累计达到X次，用人单位有权按照一定比例扣减绩效工资”，且该约定合法有效。

3. 扣除幅度合理：

   • 即使规章制度或劳动合同中有相关规定，扣减绩效工资的幅度也必须合理，不得损害劳动者的基本权益。
   • 扣除的部分通常不得超过劳动者当月工资的20%（具体比例可能因地区而异，需参照当地劳动法规）。

二、不合法扣除的情况

1. 规章制度不合法：

   • 若用人单位的规章制度未经民主程序制定，或未向劳动者公示告知，则该规章制度对劳动者不具有约束力。
   • 示例：公司新出台迟到扣绩效工资的规定，但未经过职工大会讨论或公示，则此规定无效。

2. 无相关约定或规定：

   • 如果规章制度或劳动合同中未明确规定迟到可以扣绩效工资，则用人单位不得随意扣除。

3. 扣除幅度不合理：

   • 即使规章制度或劳动合同中有规定，但如果扣减幅度明显不合理，如迟到一次就扣掉当月一半绩效工资，这种过度的扣减可能被认定为不合法。

三、员工权益保护

• 如果劳动者认为用人单位扣绩效工资的行为不合法，首先应与用人单位进行沟通协商，要求其说明扣工资的依据和合理性。
• 协商不成时，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

四、法律背景与建议

• 根据《劳动合同法》的相关规定，用人单位有权通过合法程序制定内部规章制度，规范员工行为和劳动管理。但规章制度必须内容合法、程序正当，并充分尊重员工的合法权益。
• 劳动者在面对用人单位的不合理扣减时，应勇敢站出来维护自己的权益。同时，也建议劳动者在签订劳动合同时，仔细阅读合同条款，特别是关于工资、绩效和奖惩的规定，确保自己的权益不受侵害。

总结：迟到扣工资绩效是否合法，需综合考虑用人单位的规章制度、劳动合同的约定以及扣减的合理性。用人单位在制定相关规章制度时，必须确保内容合法、程序正当，并充分尊重员工的合法权益。同时，劳动者也应了解自己的权益和义务，在必要时依法维护自己的合法权益。如果您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。