建设工程施工合同纠纷的代理费收取方式多样，主要包括按件收费、按标的额比例收费、计时收费和风险代理收费等。具体收费方式需根据案件复杂程度、标的额大小、律师资历及当事人与律师的协商结果来确定。

一. 按件收费

• 无财产争议案件：代理费一般在6000元至20000元之间。这种收费方式适用于不涉及具体财产争议的简单案件。
• 其他法律事务：如法律文书代写（600元-2000元）、律师见证（2000元-10000元）、代办公证（1500元-3000元）等，也按件计费。

二. 按标的额比例收费

• 争议标的额分段计费：
  • 10万元以下部分：收取7%，但不少于5000元。
  • 10万元以上至100万元以下部分：收取6%。
  • 100万元以上至500万元以下部分：收取5%。
  • 500万元以上至1000万元以下部分：收取3%。
  • 1000万元以上至5000万元以下部分：收取1%。
  • 5000万元以上部分：收取0.5%。
• 举例说明：
  • 若争议标的额为100万元，则代理费为：\(5000（基础费）+（1000000-100000）\\times6\\%=59000\)元。
  • 若争议标的额为5000万元，则代理费会更高，具体计算方式类似。

三. 计时收费

• 按律师工作时间计费：
  • 资深律师：每小时收费可能在1000元至3000元不等。
  • 年轻律师：每小时收费可能在500元至1000元左右。
• 适用情况：这种收费方式常用于复杂、工作时间长且难以按标的额计算的案件，如大型工程纠纷需长期跟进的情况。

四. 风险代理收费

• 按胜诉金额比例收费：
  • 律师与当事人约定，先收取一定基础费用，后期根据案件结果（如胜诉或执行到款项）按一定比例（一般在10%-30%左右）收取高额报酬。
• 注意事项：风险代理收费需符合法律规定，并且需事先与当事人明确约定。

五. 其他因素

• 案件复杂程度：案件越复杂，代理费可能越高。
• 律师资历和知名度：资深、知名律师的代理费可能相对较高。
• 地区差异：不同地区的经济水平差异也会影响代理费的收费标准。

我的建议：在选择律师时，除了考虑代理费外，还应重点关注律师的专业能力、经验及口碑。您可以与多位律师沟通，了解他们的收费方式和标准，并结合案件实际情况和自身经济状况做出选择。如有进一步需要，您可以继续咨询我。