当您在起诉过程中发现被告公司已经注销，这确实是一个需要仔细处理的情况。不过，您不必过于担心，因为即便公司注销，只要存在应承担责任的主体，您依然可以通过法律途径来维护自己的权益。以下是我为您详细梳理的处理步骤和建议：
一、区分公司注销的不同情形
依法定程序注销且妥善处理债务：
- 如果公司是按照法定程序进行注销，并且已经进行了清算，对债务有了妥善的处理，那么您可能需要根据具体情况，将被告变更为清算主体，如有限责任公司的股东等，由他们来承担相应的责任。
未经依法清算即注销：
- 如果公司未经依法清算就办理了注销登记，导致无法进行清算，那么您可以主张有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任。
二、审查注销行为是否违法违规
- 您需要仔细审查公司注销行为是否存在违法违规之处，比如故意逃避债务而注销等。如果发现存在此类行为，这将对您后续追究责任主体非常有利。
三、及时收集证据并追究责任主体
- 在此过程中，您要及时收集相关证据，包括但不限于公司注销的文件、清算报告（如果有的话）、债务处理情况等。
- 通过合法途径，如向法院申请变更被告、追加被告等，来追究应承担责任的主体，以维护自身的合法权益。
四、与法院保持密切沟通
- 您要及时与法院协商，并向法院提供公司注销的相关信息。法院会依据实际情况来确定是否变更诉讼主体，以及如何进一步处理案件。
- 遵循法院的指导和建议，确保整个法律程序能够顺利进行。
五、考虑专业法律人士的帮助
- 由于这种情况涉及法律程序和责任追究的复杂性，我建议您考虑咨询专业法律人士的意见。他们可以根据您的具体情况，为您提供更详细、更专业的法律建议和指导。
六、关注案件后续进展
- 即便公司已经注销，您也需要密切关注案件的后续进展。如果发现新的证据或情况，要及时与法院沟通，并调整自己的诉讼策略。
总之，当起诉过程中被告公司注销时，您不必过于恐慌。只要您能够区分公司注销的不同情形、审查注销行为是否违法违规、及时收集证据并追究责任主体、与法院保持密切沟通、考虑专业法律人士的帮助以及关注案件后续进展，您依然可以通过法律途径来维护自己的权益。