违法建房的鉴定主要由城乡规划主管部门、乡镇人民政府、自然资源部门以及住房和城乡建设部门等根据各自职责和权限进行。以下是具体说明：

一、主要鉴定部门及依据

1. 城乡规划主管部门

   • 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或未按许可证规定建设的建筑，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设并作出相应处理。
   • 职责范围：负责城市规划区内违法建筑的认定，包括未批先建、超面积建设等行为。例如，城市居民未经许可搭建阳光房，城乡规划主管部门将依据城市规划进行鉴定。

2. 乡镇人民政府

   • 法律依据：根据《中华人民共和国城乡规划法》第六十五条，在乡、村庄规划区内未依法取得乡村建设规划许可证或未按许可证规定建设的，由乡镇人民政府责令停止建设并限期改正。
   • 职责范围：针对农村集体土地上未经审批擅自搭建的建筑物、构筑物进行认定。例如，乡村村民未经许可建设养殖场，乡（镇）人民政府将依据乡村规划进行鉴定和处理。

3. 自然资源部门

   • 法律依据：根据《中华人民共和国土地管理法》第七十七条，未经批准或者采取欺骗手段骗取批准，非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地，并对违法建筑进行相应处理。
   • 职责范围：对涉及非法占用土地（如耕地、林地）的违建行为进行查处。例如，企业未经批准占用农用土地建设厂房，自然资源部门将依据相关规定进行鉴定。

4. 住房和城乡建设部门

   • 职责范围：参与认定违反施工许可管理规定的建设项目，例如未办理施工许可证擅自开工的工程。

二、鉴定流程与协作机制

1. 线索发现：通过群众举报、日常巡查、卫片执法等途径获取疑似违建信息。
2. 调查取证：现场勘查核实建筑位置、面积、用途等基础数据，调取用地审批文件、规划许可证明等材料。
3. 联合认定：复杂案件需多部门协同研判，例如自然资源部门确认土地性质，城管部门评估建筑安全性。
4. 公示告知：将认定结果向社会公开，保障当事人陈述申辩权利。

三、特殊情形下的鉴定主体差异

• 历史遗留问题：部分早期建设的无证房屋可能因政策调整被纳入合法化范畴，需结合当地专项整治方案确定处理方式。
• 跨区域违建：跨行政区域的违法建筑由共同上级政府指定管辖机关，避免推诿扯皮。

综合建议

• 面临违建问题时，首先应明确违建的具体地点、性质和违反的法律法规，以确定负责鉴定的主管部门。
• 了解并遵守相关法律法规，避免违规建设带来的法律风险和经济损失。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。

希望以上内容能对您有所帮助。