在操纵股票市场罪中，违法所得的计算一般不扣除亏损部分，但需根据亏损产生的具体原因进行区分认定。以下是对此问题的详细分析：

一、违法所得的计算原则

操纵股票市场罪的违法所得，本质上是行为人通过扭曲市场价格机制获取的不当利益。根据相关司法实践和案例，违法所得的计算应当遵循以下原则：

1. 以操纵行为影响的期间为计算区间：原则上，违法所得的计算区间为操纵行为实际影响证券价量的期间，终点为操纵影响消除日。若行为人被控制或账户受限，则以操纵行为终止日为终点。
2. 扣除正常交易成本：在计算违法所得时，应从中剔除正常交易成本，如交易税费等。但受其他市场因素影响产生的获利，以及配资利息、账户租借费等违法成本，并非正常交易行为产生的必要费用，不应扣除。

二、亏损部分的处理

在操纵股票市场罪中，亏损部分的处理需根据具体情况进行区分：

1. 因行为人自身原因导致的亏损：若亏损是由于行为人自身决策失误、市场判断错误等原因导致的，这部分亏损通常不会从违法所得中扣除。因为违法所得的计算旨在反映行为人通过操纵行为获取的不当利益，而非其整体投资盈亏。
2. 因侦查行为等客观因素导致的亏损：若亏损是由于侦查行为、市场突变等客观因素导致股票未能及时抛售而产生的，根据相关司法实践，可按照实际获利金额追缴违法所得，而不考虑后续的亏损。这是因为这部分亏损并非行为人操纵行为的直接结果，而是由外部因素导致的。

三、案例分析

以李某某等操纵证券市场案为例，法院在认定违法所得时，并未扣除审计日后的亏损部分。尽管李某某在审计日后持有的股票出现大幅亏损，但法院认为这部分亏损与操纵证券市场行为紧密相关，但并非操纵行为的直接结果，而是由市场因素和侦查行为等导致的。因此，法院以实际获利情况认定违法所得更为妥当。

四、法律建议

1. 对于行为人：在涉及操纵股票市场罪时，应充分认识到违法所得的计算原则，并积极配合司法机关的调查和审判工作。若存在亏损情况，应提供充分证据证明亏损产生的原因，以便司法机关进行准确认定。
2. 对于投资者：应增强法律意识，避免参与操纵股票市场等违法行为。同时，在投资过程中应谨慎决策，充分了解市场风险和投资对象的真实情况，以降低投资风险。

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