在刑事案件中，关于笔录的次数以及按哪次笔录处理的问题，这并非一个固定或简单的答案，而是需要根据案件的具体情况、调查进展以及司法程序的需要来综合判断。

首先，要明确的是，刑事案件中的笔录次数是不确定的。它可能因案件的复杂程度、证据收集的难易程度、涉案人员的数量以及司法机关的审查需要等多种因素而有所变化。在侦查阶段，公安机关可能会根据案件需要，对嫌疑人、证人进行多次询问或讯问，并制作相应的笔录。这些笔录可能包括报案笔录、初次询问/讯问笔录、补充询问/讯问笔录等，每一次笔录都是对案件事实的重要记录和确认。

其次，关于按哪次笔录处理的问题，这并非取决于笔录的次数，而是取决于笔录的内容、真实性以及其在案件中的作用。在司法实践中，每一次笔录都具有重要的法律意义，都是案件侦破和司法审判的重要依据之一。然而，在最终处理案件时，司法机关会综合考虑所有笔录的内容，以及与其他证据的关联性、一致性等因素，来形成对案件事实的完整认识。

具体来说，在侦查阶段，公安机关会通过多次笔录来逐步还原案件事实，收集证据。在审查起诉阶段，检察院会对公安机关移送的证据和事实进行核实，包括对嫌疑人的讯问笔录和证人的证言笔录等。如果发现案件存在疑问或证据有矛盾之处，检察院可能会再次讯问嫌疑人或询问证人，以查明事实真相。在审判阶段，法院会全面审查所有证据，包括笔录在内，来认定案件事实，并作出公正的判决。

因此，无法简单地回答“刑事案件做几次笔录按哪次笔录处理”的问题。而是需要强调，每一次笔录都是案件处理过程中的重要环节，都应被认真对待和如实记录。同时，司法机关在处理案件时，会综合考虑所有笔录的内容和其他证据，来形成对案件事实的完整、准确的认识，并据此作出公正的处理决定。