工商管理部门确实会处理非法合同，但主要限于那些利用合同危害国家利益、社会公共利益的违法行为。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国合同法》（已废止，但相关原则在现行法律中得以延续）：
- 尽管《合同法》已废止，但其第一百二十七条的精神在现行法律中得到了体现。该条规定，工商行政管理部门和其他有关行政主管部门在各自的职权范围内，对利用合同危害国家利益、社会公共利益的违法行为，负责监督处理。
现行相关法律法规：
- 根据现行法律法规，工商行政管理部门（现市场监督管理部门）依然承担着对合同违法行为的监督处理职责。这包括但不限于对合同欺诈、恶意串通、利用合同格式条款排除消费者权利等违法行为的查处。
二、工商管理部门处理非法合同的具体情形
合同欺诈：
- 当当事人利用合同，以非法占有为目的，通过虚构事实或隐瞒真相的方法骗取财物时，工商管理部门将依法进行查处。
恶意串通与贿赂：
- 若当事人利用合同，采用贿赂、胁迫、恶意串通等手段牟取非法利益，工商管理部门同样会介入处理。
利用合同格式条款损害消费者权益：
- 经营者利用合同格式条款免除自身责任、加重消费者责任、排除消费者权利的行为，也是工商管理部门监督处理的重点。例如，类似“本公司拥有最终解释权”、“客户不得以任何理由退货”等不平等格式条款，均被视为违法条款。
三、处理措施与后果
行政处罚：
- 对于查实的合同违法行为，工商管理部门将视情节轻重，分别给予警告、罚款、责令停产停业、吊销许可证等行政处罚。例如，对于违反规定使用格式条款的经营者，工商管理部门可处以违法所得额三倍以下但最高不超过三万元的罚款；没有违法所得的，处以一万元以下的罚款。
移交司法机关：
- 若合同违法行为涉嫌犯罪，工商管理部门将依法移交司法机关追究刑事责任。
四、建议与注意事项
- 增强法律意识：合同当事人在签订和履行合同时，应严格遵守法律法规，避免利用合同进行违法行为。
- 积极维权：若发现合同违法行为，可及时向工商管理部门举报，以维护自身合法权益和国家利益、社会公共利益。
- 咨询专业律师：在涉及复杂合同纠纷时，建议咨询专业律师以获取更全面的法律支持和建议。
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