您好，关于工伤认定是在事故发生地还是注册地的问题，这主要取决于用人单位是否为劳动者参加了工伤保险，以及具体的生产经营地情况。

首先，如果用人单位已经为劳动者参加了工伤保险，那么工伤认定通常会在参保地进行，这一般与公司的注册地或实际经营地有关联，但具体以参保地为准。

然而，在您所描述的，或者更广泛地说，在异地用工、用人单位未给劳动者参加工伤保险的情况下，工伤认定应当遵循“生产经营地”原则。这里的“生产经营地”不仅仅指公司的注册地，而是指公司实际开展日常运营、管理以及提供服务的主要场所。对于船舶航运公司等特殊行业，“生产经营地”还应包括船舶停靠的港口、办公场所所在地，以及职工实际从事工作的地点。

以您提供的案例为例，吴某在船舶停泊在宜昌市猇亭云池港口等待卸货过程中发生工伤事故，其实际提供劳动的场所即为宜昌市。在这种情况下，宜昌市作为其受伤及船舶停靠的地点，可以被理解为“生产经营地”。因此，吴某向宜昌市人力资源和社会保障局申请工伤认定是符合规定的，该局也有权进行工伤认定。

此外，从保护劳动者合法权益的角度出发，对“生产经营地”的理解不应过于狭隘。确保职工在遭受工伤时能够及时获得应有的赔偿和救治，维护其合法权益，是工伤认定的重要原则。

综上所述，工伤认定并非简单地以事故发生地或注册地为准，而是需要根据具体情况，特别是用人单位是否参保以及“生产经营地”的实际情况来确定。在未参加工伤保险的情况下，通常应在“生产经营地”进行工伤认定。希望这个解答能够帮到您。