对于生态环境情节显著轻微的情况，是有可能不予立案的，但需满足一定条件。以下从不同角度为您详细分析：
一、法定不予立案的情形
根据《行政处罚法》及相关生态环境法规，若生态环境违法行为情节显著轻微，且满足以下条件，生态环境主管部门可以依法不予立案或作出不予行政处罚决定：
违法行为轻微并及时改正：若违法行为在发生后立即被纠正，且未造成任何危害后果，根据《行政处罚法》第三十三条第一款，应当依法不予处罚。例如，企业未按规定报送辐射安全和防护状况年度评估报告，但经责令后立即补报，且未造成环境危害，可不予处罚。
初次违法且危害后果轻微：对于初次违法，且危害后果轻微的行为，主管部门可以酌情不予处罚。例如，企业首次超标排放大气污染物，但超标幅度在10%以内，且及时采取措施整改，可视为情节显著轻微。
符合不予处罚目录的情形：部分地区会发布生态环境不予行政处罚的轻微违法行为目录，列明具体不予处罚的情形。若违法行为符合目录中的条件，即使未造成明显危害后果，也可不予立案。
二、不予立案的举证责任与认定标准
举证责任：生态环境主管部门在决定是否立案时，需承担举证责任，证明违法行为的性质、情节及危害后果。若无法证明违法行为造成实质性危害，可视为情节显著轻微。
认定标准：目前，对于“情节显著轻微”的认定并无统一标准，但通常需综合考虑以下因素：
三、不予立案的程序要求
即使决定不予立案，生态环境主管部门仍需按照法定程序进行：
立案调查：对涉嫌违法行为进行初步调查，收集相关证据。
听取陈述申辩：给予当事人陈述和申辩的机会，确保程序公正。
法制审核：对调查结果进行法制审核，确保决定合法合规。
下达不予立案决定书：若决定不予立案，需依法下达不予立案决定书，并对当事人进行教育。
四、实际案例参考
以某工厂排放污染物为例，若该工厂为初犯，排放污染物量极少，且未对环境造成实质损害，同时自愿如实供述涉嫌犯罪的事实，表现出悔罪态度，还积极赔偿损失并尝试修复环境，其行为可能符合犯罪情节显著轻微、危害不大，不构成犯罪的情形，应作法定不起诉（在刑事领域）或不予立案（在行政领域）处理。
建议：若您或您的企业面临生态环境违法行为指控，且认为情节显著轻微，建议及时咨询专业律师，评估是否符合不予立案的条件，并积极配合生态环境主管部门的调查，及时改正违法行为，以避免不必要的法律风险。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。